Triplec. Un programma per costruire alberi di consenso dalle triple radicate
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Triplec. Classifica e riepilogo

Triplec. Tag

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Triplec. Descrizione

Triplec è stato sviluppato per essere un programma per costruire alberi di consenso dalle triple radicate. Utilizzo java -jar triplec.jar noreps infile.newick Qui Noreps è il numero di tripli ricostruzioni da utilizzare per il consenso. Questo è richiesto perché la ricostruzione è un algoritmo randomizzato. Per piccoli alberi di circa 20 taxa 1000 replici sono sufficienti. Ma i numeri più grandi dovrebbero essere utilizzati per i set di dati più grandi. Infile.newick è un file di testo con un albero newick per riga. Gli alberi sono considerati radicati e ogni albero deve contenere solo le etichette taxa del primo albero. Quello è alberi dopo il primo non deve contenere nuovi taxa. Sebbene non sia un errore avere alberi con meno taxa rispetto al primo albero come parte del consenso, questo metodo non è un metodo super-albero. Le prestazioni in queste condizioni non sono state testate e ci aspettiamo male.

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