Treesnatcher Plus. Uno strumento di acquisizione albero filogenetico
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Treesnatcher Plus. Classifica e riepilogo

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Treesnatcher Plus. Descrizione

Treesnatcher Plus è stato sviluppato per essere un'applicazione Java guidata da GUI che automatizza la generazione di una rappresentazione di una macchina leggibile dalle macchine di alberi filogenetici multiforme contenuti in immagini pixel. Utilizza metodi di elaborazione delle immagini per preparare l'immagine e rilevare la struttura dell'albero. L'utente supervisiona il processo di riconoscimento semi-automatico e fa correzioni all'immagine e alla topologia dove necessario. Alla fine il programma produce un codice albero Newick che rappresenta opzionalmente la struttura dell'albero comprese le lunghezze dei rami. Treesnatcher Plus è una versione estesa e re-concettualizzata di Treesnatcher. È ben montato a sostenere la ricerca su filogenie complesse e sarà utile se si vuole combinare filogenie sulla base di una raccolta di alberi già pubblicati che non sono disponibili elettronicamente. Inoltre, Treesnatcher Plus è anche adatto per scopi educativi in quanto consente all'utente di costruire i propri alberi e modificare le topologie esistenti. Le figure di alberi filogenetiche sono ampiamente utilizzate nelle pubblicazioni per illustrare il risultato di un'analisi evolutiva. Tuttavia, poiché non si può estrarre senza sforzo una rappresentazione leggibile dalla macchina, cioè un'espressione di newick, della filogenia da tali immagini, quelle non sono adatte per la successiva rianalisi o una facile compilazione delle topologie dell'albero. Pertanto, una rappresentazione leggibile da computer di un albero pubblicato è dotato di costruire completamente a mano o utilizzando applicazioni speciali. Qui, Treesnatcher Plus può essere prezioso. Identifica la topologia di un albero (ad esempio una figura da una pubblicazione) con l'interazione dell'utente. L'applicazione presenta una sofisticata interfaccia utente grafica basata sulla API Swing Java. La nuova versione, Treesnatcher Plus, è stata sviluppata da zero e offre un'interfaccia grafica grafica stabile, utilizza metodi migliorati per l'elaborazione delle immagini e per l'analisi della topologia dell'albero. In particolare non è più necessario preliminare un'immagine prima di nutrirlo in Treesnatcher Plus. La nuova applicazione offre tutti gli strumenti di pre-elaborazione dell'immagine necessari.

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