Gnlab. Conduttura computazionale per analisi della rete genica su larga scala
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Gnlab. Classifica e riepilogo

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Gnlab. Descrizione

Il nome Gnlab rappresenta il laboratorio virtuale della rete genica. Gnlab è stato sviluppato per essere un nuovo strumento di bioinformatico per l'analisi su larga scala delle reti di regolamentazione genica (GRNS). Questo strumento di riga di comando C ++ supporta l'analisi sia della struttura statica che del comportamento dinamico di un GRN. Gnlab è sviluppato per supportare la progettazione e l'implementazione di sperimentazioni computazionali ripetibili su larga scala su GRN. Gnlab è composto da componenti separabili per la generazione di rete, la simulazione, l'analisi, la visualizzazione, il confronto e l'inferenza. Attraverso l'uso di uno script definito dall'utente, questi componenti possono essere convogliati insieme per costruire una pipeline di analisi GRN. Ogni componente può essere invocato da un'opzione della riga di comando. Caratteristiche principali: Generazione di rete: Tre modelli di crescita della rete sono disponibili in Gnlab. Una rete casuale può essere generata dal modello ERDOS-RENYI (-R), il modello senza scala (-F) o il modello Charleston-Ho (-G). Il modello Charleston-HO è un modello di crescita della rete appena proposto che si basa su processi conosciuti nell'evoluzione del genoma. Questo modello è dimostrato di catturare la struttura topologica dettagliata del vero GRN (Ho e Charleston, in preparazione). Visualizzazione della rete: GNLAB può produrre file di input per Graphviz, Geomi e Cytoscape. Questa funzionalità può essere invocata dall'opzione della riga di comando -v. Simulazione della rete: Usando la cinetica della collina, il modello di espressione genica di un GRN può essere simulato deterministicamente o stocasticamente. I dati per il profilo dell'espressione genica serie temporale possono essere generati invocando l'opzione della riga di comando -t. I dati simulati sono memorizzati in un file di testo con un'estensione ".data". Tre tipi di set di dati microarray possono essere simulati da GNLAB: serie Time-Series, Gene perturbazione e set di dati specifici con condizioni. L'opzione della riga di comando -s è utilizzata per invocare una simulazione dei dati di microarray. Analisi della rete: La struttura statica di un GRN può essere quantificata da una raccolta di funzioni topologiche di rete. Un set di 11 caratteristiche topologiche è calcolato in Gnlab. Confronto della rete: La somiglianza topologica tra due reti con lo stesso numero di nodi può essere calcolato in GNLAB. Un confronto di rete viene invocato tramite l'opzione della riga di comando -C. Un riepilogo a una riga delle differenze topologiche tra le due reti viene emessa alla console Inferenza di rete: Gnlab non esegue direttamente l'inferenza di rete. Tuttavia, consente al set di dati del microarray che genera da convertire nel formato di input di Aracne e Banjo. Questo processo è invocato dall'opzione della riga di comando -D.

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