PPH. Un programma per inferire gli haplotipi dai genotipi
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PPH. Classifica e riepilogo

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analisi Haplotype. Haplotipi estesi Analisi di Haplotype. Genera genotipi interagenti creare genotipi interagenti Genotipi dell'array di progenie filogenico popolazione genetica Analisi genotipo Analisi delle Haplotipi HAPLOTYPES GOAT. 3 genotipi diploidi.

PPH. Descrizione

PPH è stato sviluppato per essere un programma per inferire gli haplotipi dai genotipi per determinare se ci sono haplotipi risultanti che si adattano a un modello ad albero (cioè una filogenia perfetta, un coalescente). In termini genetici più popolatrici, PPH determina se è possibile spiegare un set di genotipi SNP da coppie di aplotipo che potrebbero essere evolute su una coalescenza sotto il modello di no-ricombinazione, infinito. Quindi determina i dati del genotipo SNP ciò che il test di tre o quattro gameti (a seconda che l'albero sia radicato o meno) determina i dati di haplotipo. Nel programma PPH, quando richiesto il formato dei dati di input, selezionare uno dei numeri da 1 a 7 come spiegato di seguito. Il formato di input determina il formato di output. Passo dopo passo per utilizzare questo programma: 1. Digitare "PPH.EXE" per avviare il programma. 2. Si prega di inserire il nome del file: Inserire il nome file del file che contiene informazioni genotipo o haplotipo. 3. Inserire il numero del formato del file: (fare riferimento al file "format.txt"): Questo programma può leggere sette diversi tipi di formati. Si prega di fare riferimento al file "Format.txt" per ulteriori informazioni sui formati. Il valore di input deve essere compreso tra 1 e 7. 4. Si prega di inserire il nome del file che contiene il vettore ancestrale, I.e., il vettore binario che specifica gli stati del carattere alla radice dell'albero. Ci sono due casi speciali di particolare importanza. Se gli stati ancestrali sono tutti-0, quindi inserisci "D" per il caso predefinito; Se non conosci gli stati ancestrali, inserisci "M" per il vettore di maggioranza). In tal caso, il programma determinerà se c'è un albero snodato che potrebbe evolvere i genotipi dati. 6. Verrà generato un file di output. Il nome del file di output è "output". Per informazioni sui formati di output, consultare il file format.txt 7. Il programma verifica anche la coerenza dell'uscita. Cioè, controlla che ogni coppia di output haplotipo corrisponde effettivamente al corretto vettore del genotipo di ingresso. Il programma segnala il risultato di tale passaggio di verifica.

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