Rate4site. Un programma per rilevare siti amminoacidi conservati
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Rate4site. Classifica e riepilogo

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Rate4site. Descrizione

Rate4site è stato sviluppato per essere un programma per rilevare siti amminoacidi conservati comparcando la relativa tariffa evolutiva per ciascun sito nell'allineamento di sequenze multiple (MSA). Panoramica: Il tasso di evoluzione non è costante tra i siti di amminoacidi: alcune posizioni si evolvono lentamente e vengono comunemente indicate come "conservate", mentre altri si evolvono rapidamente e vengono definiti "variabili". Le variazioni del tasso corrispondono a diversi livelli di sezione di depurazione che agiscono su questi siti. La selezione della depurazione può essere il risultato di vincoli geometrici sulla piegatura della proteina nella sua struttura 3D, vincoli ai siti di amminoacidi coinvolti nell'attività enzimatica o in legame ligando o in alternativa, nei siti di amminoacidi che prendono parte a interazioni proteiche-proteine . Rate4Site calcola la relativa tariffa evolutiva in ciascun sito utilizzando un modello evolutivo basato su probabilist. Ciò consente di tenere conto del processo stocastico alla base dell'evoluzione della sequenza di sequenza all'interno delle famiglie proteiche e dell'albero filogenetico delle proteine in famiglia. Il punteggio di conservazione a un sito corrisponde alla tariffa evolutiva del sito. Metodologia: L'unico input obbligatorio per rate4site è un file MSA. Il programma calcola quindi un albero filogenetico che è coerente con il MSA disponibile (l'utente può inserire anche un albero pre-calcolato). Quindi calcola il relativo punteggio di conservazione per ciascun sito nel MSA. Questo viene effettuato utilizzando un metodo empirico Bayesian o un metodo di massima probabilità (Pupko et al., 2002).

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