| Iqpnni. IMPORTANTE QUARTIT FUNZIONAMENTO PUZZLING E NNI |
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Iqpnni. Classifica e riepilogo
- Nome editore:
- Arndt von Haeseler
- Sistemi operativi:
- Windows All
- Dimensione del file:
- 1.6 MB
Iqpnni. Tag
Iqpnni. Descrizione
Il nome IQPNNI è in attesa di un'operazione di perplerazione del quartetto importante e dell'operazione NNN. Un efficiente metodo di ricostruzione dell'albero (IQPNNI) viene introdotto per ricostruire un albero filogenetico in base al DNA o ai dati della sequenza di aminoacidi. Il nostro approccio combina vari algoritmi veloci per generare un elenco di potenziali alberi candidati. L'ingrediente chiave è la definizione dei cosiddetti quartetti importanti (IQS), che consentono il calcolo di un albero intermedio in O (n ^ 2) tempo per n sequenze. L'albero risultante viene quindi ulteriormente ottimizzato applicando l'operazione di interscambio del vicino più vicino (NNI). Successivamente una frazione casuale delle sequenze viene cancellata dal miglior albero trovato finora. Le sequenze cancellate vengono quindi nuovamente inserite nell'albero più piccolo utilizzando l'algoritmo IMPORTANTE NUTTET PUZZLING (IQP). Questi passaggi vengono ripetuti più volte e il miglior albero, per quanto riguarda il criterio di probabilità, è considerato come l'albero filogenetico dedotto. Inoltre, suggeriamo una regola, che indica quando interrompere la ricerca. Caratteristiche principali: Modello Le stime dei parametri falliscono in rari casi per il modello ricco di parametri Invar + Gamma Tasso eterogeneità Problema di compatibilità con GCC 4.3.2 Bionj Tree è ora ricostruito due volte dalle distanze iniziali e le distanze massime di massima corretta
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