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Denstyfit. Classifica e riepilogo

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Denstyfit. Descrizione

La microscopia elettronica è diventata uno strumento importante nella biologia strutturale. Molte proteine che non possono essere fatte per cristallizzarsi in un cristallo 3D adatto per la cristallografia a raggi X può tuttavia essere studiata mediante microscopia elettronica, sia come molecole singole o sotto forma di cristalli 2D. Tuttavia, le strutture risultanti hanno una risoluzione molto bassa. Con le rare eccezioni, le mappe di densità elettronica ottenute dalla microscopia elettronica non sono sufficienti per identificare la struttura alla risoluzione atomica. In alcune situazioni, è disponibile una struttura a livello atomico della stessa proteina in un'altra conformazione. DinsertyFit è uno strumento progettato per combinare queste informazioni con la struttura a bassa risoluzione. Questo strumento basato su Python lo fa deformando la nota struttura atomica conosciuta per adattarsi alla mappa della densità elettronica a bassa risoluzione. La flessibilità della proteina è descritta da un modello di rete elastica, le cui modalità normali a bassa energia definiscono le deformazioni consentite. Questa procedura garantisce che l'integrità della proteina sia conservata durante la deformazione. Rispetto ad altri algoritmi simili che sono stati pubblicati, quello implementato in DensioniFit ha il vantaggio di essere stato testato su dati sperimentali reali per una proteina di medie dimensioni, ca-atpasi. L'algoritmo e la sua applicazione a ca-atpasi sono stati descritti in

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