GEDI-ADMX. Rilevamento e imputazione degli errori genotipo per le popolazioni conmissibili
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GEDI-ADMX. Classifica e riepilogo

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GEDI-ADMX. Descrizione

GEDI-ADMX è un'applicazione costruita per gestire i dati genotipo da individui non correlati. Inferenza di antenati locali utilizza un fattoriale HMMS addestrato su haplotipi ancestrali per imputare i genotipi a tutti i luci SNP digitati sotto ogni possibile ascendenza locale. GEDI-ADMX assegna a ciascun locus L'antenazione locale che produce la massima accuratezza dell'imputazione, come valutato utilizzando uno schema di voto ponderato basato su più finestre SNP centrate sul luogo di interesse. Il rilevamento degli errori e l'imputazione di genotipi mancanti a SNP digitati viene eseguito utilizzando Le probabilità di genotipo multilocus calcolate in base al fattoriale hmm corrispondenti all'ancessa locale dedotti. L'imputazione dei genotipi a ciascun SNP non impugnata viene eseguita in base alle probabilità del genotipo posteriore calcolato utilizzando un fattoriante simile HMM che spanning K (predefinito K = 10) digitato SNPS prima e dopo il locus imputato. Il pacchetto GEDI-ADMX fornisce metodi per: · Inferenza degli antenati locali · Rilevamento e correzione degli errori del genotipo SNP · Imputazione dei genotipi mancanti negli SNP digitati, e · Imputazione dei genotipi a Sns non condotti.

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