Ngstools.

Strumenti per l'analisi dei dati NGS
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Ngstools. Classifica e riepilogo

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  • Bioinformatics Lab
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  • Windows All
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Ngstools. Tag


Ngstools. Descrizione

Ngstools è un pacchetto basato su Java che mira a fornire un modello oggetto per consentire diversi tipi di analisi dei dati di sequenziamento di prossima generazione. Il pacchetto offre anche alcuni programmi di utilità per elaborare letture allineate a diversi genomi di riferimento. Gli strumenti più importanti di questo pacchetto sono SNVQ, un accurato algoritmo di rilevamento delle varianti di nucleotidica singolo (SNV) e algoritmo genotipitoso da chiamate di base e punteggi di qualità e una regolazione impostata per unire gli allineamenti di lettura in una libreria di trascrizioni CCDS con allineamenti delle stesse letture a un riferimento Assemblea. Il formato di scelta per elaborare gli allineamenti in ogni strumento in questo pacchetto è SAM, che consente di integrare ngstools con programmi di mappatura comunemente usati come pacchetti bowtie e altri pacchetti di analisi come Samtools.


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