Oligocheck. Controllare la qualità delle sonde filogenetiche e dei set di primer
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Oligocheck. Classifica e riepilogo

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Oligocheck. Descrizione

Oligocheck è uno strumento basato su Java progettato per valutare la robustezza, valutando un set di primer o l'intervallo filogenetico del primer o la gamma filogenetica della sonda come aumenta il numero di materie corrispondenze di base con la potenziale sequenza di sequenza di destinazione. L'utente fornisce un set di primer o una sonda da verificare, insieme a un database di sequenze di acido nucleico. Oligocheck controlla il set di primer o la sonda contro ogni record pertinente nel database e rileva se le corrispondenze si verificano con un numero crescente di dissipazioni di base consentite. L'analisi risultante viene visualizzata in una forma grafica accanto ai dati record di sequenza. La capacità dei set di primer dell'acido nucleico e sonde da collegarsi esclusivamente alla corretta sequenza di acido nucleico è fondamentale per il targeting accurato di specifici gruppi filogenetici. Tale specificità dipende in gran parte dall'unicità della regione della sequenza di acido nucleico, questi obiettivi di oligonucleotidi. La regione più unica, più robusta sarà il primer set o sonda essere a ricottura solo all'obiettivo previsto, anche se variazioni nella temperatura di ricottura e altri parametri biochimicamente rilevanti comportano il legame di oligonucleotidi con successo con gli obiettivi con una o più differenze di base. Pertanto, un robusto set di primer o sonda può essere visualizzato come uno che ricollega esclusivamente al bersaglio previsto anche quando è consentita una o più disallineamenti.

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