VMD. Un programma di visualizzazione molecolare per la visualizzazione, l'animazione e l'analisi di grandi sistemi biomolecolari utilizzando grafici 3-D.
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VMD. Classifica e riepilogo

VMD. Tag

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VMD. Descrizione

Un programma di visualizzazione molecolare per la visualizzazione, l'animazione e l'analisi di grandi sistemi biomolecolari utilizzando grafici 3-D. VMD è un programma di visualizzazione molecolare per la visualizzazione, l'animazione e l'analisi di grandi sistemi biomolecolari con grafica 3-D e script integrati. VMD supporta i computer che eseguono Mac OS X, Unix o Windows, è distribuito gratuitamente e include il codice sorgente.VMD è un programma grafico molecolare progettato per la visualizzazione interattiva e l'analisi dei biopolimeri come proteine, acidi nucleici, lipidi e membrane .VMD è un'applicazione generale per la visualizzazione di molecole contenenti qualsiasi numero di atomi ed è simile ad altri programmi di visualizzazione molecolare nelle sue capacità di base.VMD include il supporto integrato per il rendering stereoscopico tamponato a quadri di fascia alta che può essere utilizzato in teatri di proiezione bene come workstation grafiche del desktop. L'esposizione sterileSescopica aiuta significativamente nella percezione di strutture tridimensionali ed è stata una caratteristica fondamentale in VMD dalla sua prima versione. VMD fornisce inoltre supporto per occhiali stereo orientati al gioco economici, e persino stereo anabilici (rosso / blu). Ecco alcune caratteristiche chiave di "VMD": · Nessun limite al numero di molecole, atomi, residui o numero di fotogrammi di animazione, ad eccezione della memoria disponibile. · Molti metodi molecolari e volumetrici e metodi di colorazione. · Ampia lingua di selezione atomica con operatori booleani e algebrici, espressioni regolari, selezioni basate sulla distanza e altro ancora. · Ampie interfacce grafiche e di testo a TCL, TK e Python per fornire potenti funzionalità di scripting e analisi. · Rendering su schermo di alta qualità utilizzando l'ombreggiatura programmabile OpenGL su acceleratori grafici avanzati. · Display stereoscopico con occhiali da otturatore, pannelli piatti autosostopic, occhiali stereo anaglifo e visione stereo side-by-side. · Controllo interattivo a 3 d attraverso l'uso di joystick, spaceball, dispositivi pubblicitari e altri dispositivi di ingresso avanzati, con supporto per la Rete periferica della realtà virtuale (VRPN). · Un sistema di caricamento del file basato su plugin estensibile con supporto per formati popolari come ambra, charmm, gromacs, NAMD, PDB, X-Plor, e molti altri, oltre a conversione automatica attraverso Babele. · Esporta la scena visualizzata in formati di rendering estenali, tra cui POV-Ray, Raster3D, Renderman, Gelato, Tachyon, Wavefront, nonché file STL o VRML2 per la stampa 3-D. · Integrazione di più strumenti di allineamento di sequenze e analisi evolutivi, sotto forma del plugin MultiseQ e del relativo set di strumenti. · Eseguire simulazioni di dinamiche molecolari interattive (IMD) utilizzando NAMD, Protomol o altri programmi come back-end di simulazione. · Integrazione con il programma NAMD, un programma di dinamica molecolare veloce, parallelo e scalabile sviluppato in combinazione con VMD. Vedere la pagina NAMD per i dettagli: http://www.ks.uiuc.edu/research/namd · Integrazione con l'ambiente di ricerca collaborativo di Biocore. VMD può "pubblicare" script grafici molecolari a BioGore, in modo che i collaboratori possano lavorare insieme su Internet. Vedere la pagina Biocore per i dettagli: http://www.ks.uiiuc.edu/research/biocore. Limitazioni: · Devi registrarti per scaricare. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Aggiornamenti della documentazione dell'utente · Migliori minori e correzioni per la Guida per l'utente VMD, aggiunta di documentazione per nuovi comandi e variabili di ambiente. · Tutorial nuovi e aggiornati disponibili per immagini avanzate e cinematografica, esportazione PDF 3-D, illuminazione per occlusione ambientale tachyon, colorazione superficiale elettrostatica e selezione Atom basata sulla mappa a densità. · Modifiche dell'interfaccia utente · Nuova modalità di raccolta "utente" per l'uso con script e plugin definiti dall'utente · Miglioramenti generali · Supporto per Capture 3-D con Acrobat 3-D, per la creazione di documenti che incorporano strutture molecolari a 3 d. · Il rendering VMD ora può utilizzare l'illuminazione ambientabile avanzata di occlusione del tachione per il rendering 3-D migliorato tremendamente migliorato di grafica molecolare. Questa modalità di illuminazione avanzata può migliorare notevolmente l'ombreggiatura di pori e canali, strutture con cavità e altri casi che in genere richiedono l'uso della profondità di profondità per una migliore percezione della profondità. · VMD ora supporta il pacchetto di rendering della qualità della qualità di produzione della GPU di NVIDIA "Gelato". VMD esporta scene nel formato di file PYG nativo di Gelato, così come il formato RIB RENDERMAN. · Per impostazione predefinita VMD utilizzerà ora tutti i processori disponibili per accelerare le porzioni parallelize del codice che attualmente includono diverse routine di analisi della struttura, MD interattivo e tracciamento dei raggi. · L'uso generale della memoria per Atom è stato significativamente diminuito. VMD ora utilizza poco oltre la metà della memoria per Atom rispetto alle versioni precedenti, lasciando più spazio disponibile per ulteriori telai di traiettoria o per più molecole da caricare contemporaneamente. · Struttura VMD La scalabilità e la scalabilità dell'analisi sono state notevolmente migliorate. VMD è stato testato con successo il caricamento e analizzando strutture fino a 72.000.000 di atomi. · L'algoritmo di determinazione del legame automatico viene ora eseguito fino a 3 volte più veloce su sistemi singoli del processore e utilizza più processori per migliorare le prestazioni sui processori multicore e sui workstation multiprocessore. · Performance di caricamento drasticamente migliorata di file multila migliaia di file quando l'aggiornamento del display è disabilitato. Questo avvantaggia i lavori di analisi VMD in modalità batch che coinvolgono l'analisi di migliaia di strutture, ad es. Caricamento e ricerca di grandi sottoinsiemi del PDB.

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