Openms. un quadro open-source per la spettrometria di massa
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Openms. Classifica e riepilogo

Openms. Tag

maneggio struttura quadro spettrometria Gestione dei dati LC / MS Analisi dei dati LC / MS spettrometria

Openms. Descrizione

Un quadro open source per la spettrometria di massa OpenMMS è una libreria C ++ gratuita e open source che ti aiuterà in Gestione e analisi dei dati LC / MS. OpenMS offre un'infrastruttura per lo sviluppo del software relativo alla spettrometria di massa. Gli acenms copre una vasta gamma di funzionalità necessarie per lo sviluppo del software quando si tratta dell'analisi della separazione delle proteine ad alto throughput e dei dati relativi alla spettrometria di massa. Elaborazione del segnale: · L'analisi dell'alto throughput delle proteine che utilizza la spettrometria di massa richiede un'elevata elaborazione del segnale che riduce la quantità di dati con minima perdita di informazioni. I picchi devono essere rilevati e funzionalità importanti come la loro cima della posizione del Centroid, l'altezza e l'area devono essere determinate. · Per il picking picco, proponiamo uno schema basato su wavelet per il trattamento dei dati di spettrometria di massa che è in grado di far fronte a Le difficoltà poste da applicazioni in proteomica. · Spesso diversi passaggi di pre-elaborazione vengono applicati ai dati grezzi prima della raccolta effettiva del picco. OpenMS supporta anche la riduzione di base e il filtro del rumore dei dati grezzi. Funzionalità: · Dopo la prima riduzione dei dati mediante picking pick, il nostro approccio è quello di ridurre ulteriormente la quantità di dati. · Questo è fatto determinando tutte le vette appartenenti alla stessa "funzionalità" (un'entità chimica, ad esempio una carica del peptide variante) e regolazione di un modello teorico a loro. Un valore di qualità è assegnato a ciascuna caratteristica relativa alla sua misurazione in ciascuna dimensione della caratterizzazione, ad es. Il suo profilo di eluizione (tempo di conservazione) e la distribuzione dell'isotopo (massa-a pagamento). · Le funzionalità vengono quindi utilizzate per la quantificazione senza etichetta e con etichetta isotopi. Visualizzazione: · OpenMS possono visualizzare i dati HPLC-MS in diverse viste diverse. Le scansioni singole possono essere visualizzate in una trama 2-dimensionale. Le mappe più complesse, possono essere visualizzate in una vista 2D (vista per gli uccelli con intensità codificate a colori) e anche in una vista 3D. Le rappresentazioni dei dati sono altamente configurabili e possono quindi essere riutilizzate in molte applicazioni. · Le immagini a destra sono screenshot di 'toppview', un visualizzatore di dati MS che fa parte di TOPP. Mappatura della mappa: · Molti esperimenti di proteomica consistono in diverse corse HPLC-MS. Le piste devono essere allineate per correggere i problemi nella cromatografia. Mappa della mappa è il processo in cui le mappe di picchi o caratteristiche da diverse misurazioni sono sovrapposte. · Il primo passo è trovare una trasformazione che muove le funzioni da una mappa vicino alle caratteristiche corrispondenti nell'altra. Un approccio di hashing geometrico standard è sufficiente nella maggior parte dei casi. · Nel secondo passo determina un abbinamento combinatorio ed estrarre gruppi di funzioni corrispondenti per analisi differenziali. Identificazione: · L'identificazione di peptidi e proteine è uno dei compiti principali della ricerca proteomica. Le openms possono leggere e scrivere i formati di dati dei motori di identificazione più popolari, ad es. Sequest, Mascot, Omssa, X! Tandem. Strutture dati Per quel negozio sono disponibili i dati per ulteriori analisi dei risultati di identificazione. · OpenMS Can E.G. Filtra i risultati dell'identificazione, i risultati del consenso calcolano di diversi motori di identificazione. Inoltre, le identificazioni possono essere convalidate utilizzando la previsione del tempo di conservazione. Supporto del database: · Le elevate tecnologie di throughput della moderna proteomica comportano molti dati che devono essere annotati, analizzati e conservati. L'enorme quantità di dati effettua il database supporta una caratteristica essenziale di quasi tutte le proteomiche application.Openms offre il supporto del database tramite il modulo QT SQL, che consente l'utilizzo di una varietà di diversi database SQL. · Il modello di database di OpenMS è il più lontano possibile al modello HUPO PSI-OM.

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