simupop. Ambiente di simulazione della genetica della popolazione del tempo libero e open source e open source
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simupop. Descrizione

Ambiente di simulazione della genetica di formazione della popolazione del tempo libero e open source Simupop evolve popolazione (s) in avanti in tempo - soggetto a un numero arbitrario di forze genetiche e ambientali (ricombinazione, migrazione, mutazione, variazione delle dimensioni della popolazione ecc.). Semplici simulazioni come la maggior parte dei modelli dei libri di genetica della popolazione standard possono essere configurati facilmente, mentre simulazioni molto complicate come la diffusione di malattie complesse, le antiche migrazioni fuori in Africa possono essere costruite passo dopo passo aggiungendo operatori appropriati (oggetti che funzionano sulle popolazioni) . Requisiti: · Python. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Bug: correggere un bug di perdita di memoria in Pyparentschooser. · ChG: MapleSlector ora accetta un dizionario di tuples, invece di stringhe. · CHG: Mappenetrance ora accetta un dizionario di tuples, invece di stringhe. · CHG: rimuovere la funzione individuale.intinfo. · CHG: cloneGenotrasmettitore Accetta un elenco di campi di informazione da copiare dai genitori alla prole. Impostazione predefinita a tutti i campi di informazione. · CHG: rimuovere la funzione Stage degli operatori. Invece, gli operatori dovrebbero essere superati esplicitamente ai parametri preops, durante i postopi della funzione Evolve. I parametri esistenti preops e postope sono rinominati con initeri e finalops. · CHG: il secondo parametro di una funzione demografica è ora la popolazione genitoriale stessa, invece delle dimensioni delle popolazioni parentale. · CHG: Trattare Ancgen in popolazione.indbyID come generazione suggerita e continuerà a controllare le altre generazioni se un individuo con ID specificato non viene trovato nella generazione suggerita. · CHG: Separare i campi aggiuntivi da InfoFields a Paramfields in Operator Pyselector. · CHG: modifica i selettori dei parametri su OPS in operatore Pyselector. · CHG: aggiungi il supporto per le sottopulazioni virtuali a tutti gli operatori di penetranza. · CHG: modifica il sottopopo dei parametri sui sottopopo nei regimi di accoppiamento. · CHG: rimuovere tutti gli OPEARTORI DI TRATTATIVO QUANTITATIVO tranne Pyquantrait. Mofidy L'interfaccia di Pyquantrat in modo che possa gestire più campi di tratti e essere applicati durante l'accoppiamento. · CHG: più operatori e funzioni di campionamento al campionamento della sottomodulo. · Novità: durante gli operatori di accoppiamento utilizzati in uno schema di accoppiamento ora supporta i parametri iniziano, passo, fine, e ripetizioni. · NOVITÀ: aggiungi parametro Vspmap al combinazione di combinazione che può definire VSP da unione di VSP. · NUOVO: aggiungi intervalli di parametri all'Fosplitter. · NUOVO: aggiungi ProductsPritter che definisce VSP da intersezioni di VSP. · Novità: consente di accedere ai singoli campi di informazione come attributi. · Novità: aggiungere la distribuzione di chi-sterrato alla classe RNG (). Rimuovere alcune funzioni memeer raramente utilizzate di questa classe. · Novità: consente di applicare i selettori durante l'accoppiamento per consentire la selezione naturale attraverso la selezione della prole. · Novità: consentire la specifica dei nomi VSP in splitter. · Novità: aggiungi parametro Freq all'operatore InitByVyValue. · NUOVO: aggiungi parametro Malesprop to Operator Initsex. · Novità: aggiungi supporto per popolazione di Haplodiploide e cromosomi sessuali a MapleSlector. · Novità: aggiungi il supporto della popolazione aploide a Maselector.

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