Wh. Un programma per computer che esegue il raccordo di un modello di speciazione
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Wh. Classifica e riepilogo

Wh. Tag

Dell Computer Model. sequenza Raccordo normale Sequenza del DNA raccordo Analisi del DNA. Dna. Raccordo stocastico Spettatrice paraparetrica Modello di isolamento isolamento Raccordo dei dati Montaggio della superficie

Wh. Descrizione

WH è stato sviluppato per essere un programma per computer che svolge il montaggio di un modello di speciazione e conduce test della qualità della vestibilità di quel modello. Il modello di specifica è chiamato il modello di isolamento ed è uno senza flusso genico. Con i dati di sequenza del DNA comparativo da ciascuna delle due specie strettamente correlate, il metodo consente una stima del tempo dalla specifica e dalla dimensione delle specie ancestrali. Il modello di isolamento assume quanto segue: - Due specie o popolazioni, da cui i dati sono stati campionati, derivano da una singola specie ancestrale, o una popolazione, un po 'di tempo, generazioni T, in passato. - Le specie ancestrali comuni, o la popolazione era di costante di dimensioni efficaci na. - Le due specie discendenti (popolazioni) hanno diverse dimensioni efficaci n1 e n2, rispettivamente. - Tranne il momento della separazione della popolazione al tempo T, le dimensioni della popolazione sono costanti. - Dalla separazione della popolazione, c'è un flusso di gene zero tra le specie (popolazioni). - Tutte le mutazioni sono neutrali. Il file del programma dovrebbe risiedere nella stessa cartella del file di dati o in una cartella ha cercato automaticamente dal sistema operativo. Il programma può essere eseguito utilizzando i parametri della riga di comando o semplicemente digitando il nome del programma ('wh'). Se i parametri della riga di comando non vengono utilizzati, il programma richiede i valori dei parametri di runtime. L'utente avvia il programma semplicemente andando alla cartella in cui esiste il file di dati e digitando il nome del programma (E.G. "Siti") seguito dal tasto ENTER. Il programma richiede diverse domande sul file di dati e sull'analisi desiderata. Quasi tutti i comandi e le opzioni possono essere inseriti anche utilizzando i parametri della riga di comando. Il programma può essere avviato con o senza l'uso di istruzioni alla riga di comando. Senza istruzioni della riga di comando - digita semplicemente 'wh' al prompt. Il programma chiederà le informazioni di base. Su un PowerPC, facendo clic sull'icona del programma Apre una piccola finestra in cui possono essere inseriti i parametri della riga di comando. L'utente può anche aver premuto il ritorno a questo punto e il programma richiederà i parametri di runtime. Parametri della riga di comando: Tipo ed entra WH -D'DataFileName '-R'R'RESULLFILENAME' -N'NUSIMS '-L'LDTYPE'P' -A'RANSEED ' Dove: 'DataFileName' è il nome di un file di dati che si trova nella stessa cartella del programma 'Resultsfilename' è il nome del file che verrà creato per contenere i risultati. Il file dei risultati verrà generato con un'estensione di '.wh' 'Numsims' è un numero intero del numero di simulazioni da eseguire. Il raccordo del modello di base non richiede simulazioni. Se questo valore non è zero o vuoto, il file di dati deve avere le informazioni necessarie sui tassi di ricombinazione. 'Ldtype' indica al programma che tipo di valore di analilibrio del collegamento da calcolare. Questa opzione richiede che le simulazioni siano fatte e che il file di dati includa informazioni sulla ricombinazione e sui valori LD osservati. 'ldtype' deve corrispondere alla misura del disequilibrio del collegamento utilizzato per generare il datafile. 'LDTYPE' può assumere i seguenti valori: 'R' richiama il coefficiente di correlazione 'S' invoca r ^ 2, il quadrato del coefficiente di correlazione 'D' invoca la misura di squilibrio di base gametic d 'P' invoca il D 'che è uguale a D / Dmax, in cui Dmax è il valore massimo possibile di D data le frequenze allele osservate. 'B' invoca il valore assoluto di D, | d | 'Ranseed' è un seme numero casuale e non è generalmente richiesto a meno che l'utente non vuole ripetere le simulazioni esattamente.

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