Hka. Un programma per computer che esegue il test statistico ampiamente utilizzato
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Hka. Classifica e riepilogo

Hka. Tag

molecolare Sequenza del DNA creare test statistico Test di significato statistico Analisi del DNA. Dna. neutro Test del computer test statistico Molecolare neutro

Hka. Descrizione

HUKA è stato sviluppato per essere un programma per computer che esegue il test statistico ampiamente utilizzato per la selezione naturale sviluppata da Hudson, RR, M. Kreitman e M. Aguade (1987 una prova di evoluzione molecolare neutra basata sui dati nucleotidi. Genetica 116: 153-159). Questo programma può gestire un numero molto elevato di dimensioni di loci e campioni e conduce test tramite simulazione coalescente e dalla convenzionale approssimazione del quadrato CHI. Le simulazioni possono anche essere utilizzate per condurre altri test di selezione naturale, compresi i test della statistica D Tajima (1989) e la D Statistica di FU e LI (1993). Rational Il test HKA si basa sulla previsione più basilare del modello neutro dell'evoluzione molecolare, che il polimorfismo della sequenza del DNA all'interno di una specie e la sequenza della sequenza del DNA tra le specie, sarà proporzionale al tasso di mutazione neutro (Kimura, 1968, 1969). A queste aspettative di base dobbiamo aggiungere che il polimorfismo dipende anche dalle dimensioni efficaci della popolazione e dalla divergenza dipende anche dal tempo dalla specuzione. Quando consideriamo i dati raccolti da due specie, e da più loci, ci aspettiamo che tutte le loci all'interno di una specie condivideranno le stesse dimensioni efficaci della popolazione e ci aspettiamo che ogni locus, indipendentemente dalle specie, avrà una caratteristica tasso di mutazione neutrale (a seconda della lunghezza e del livello di vincolo selettivo). Pertanto possiamo considerare i dati sul polimorfismo e la divergenza lanciata in forma di una tabella di contingenza (figura 1). Possiamo anche costruire una tabella simile dei valori previsti, ciascuna una funzione dei parametri del modello di base che sono adatti ai dati. Quei parametri sono: T - il tempo dalla divergenza della specie f - il rapporto tra le due dimensioni efficaci delle dimensioni della popolazione. Theta_i = 4n1 u_i - il tasso di mutazione della popolazione per locus I in specie 1, dove N1 - la dimensione della popolazione effettiva della specie 1 e u_i è il tasso di mutazione neutro a locus i. C'è un parametro theta per ogni locus.

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