Rococo è una piccola utilità progettata per ricostruire cluster geni ancestrali. Data la topologia di un albero filogenetico e gli ordini del gene dei nodi fogliari, calcola set ottimali di cluster geni per i nodi interni. Il criterio di ottimizzazione combina due proprietà: parsimonia, cioè il numero di guadagni e perdite di cluster geni deve essere minimo e coerenza, cioè per ogni nodo ancestrale, deve esistere almeno un potenziale ordine genico che contiene tutti i cluster ricostruiti.
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