jmodeltest. Media del modello filogenetico
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jmodeltest. Descrizione

Jmodeltest è un'applicazione scientifica che può eseguire una selezione di sostituzioni di nucleotidica, utile nell'analisi del DNA, con supporto per grandi pacchetti di dati. È un progetto open source e multipiattaforma che mira agli studenti, agli insegnanti, oltre ai ricercatori nel campo del DNA. La maggior parte dell'analisi viene eseguita automaticamente, tuttavia, la conoscenza avanzata nucleotidica è prevista dall'utente, soprattutto per l'interpretazione dei risultati. Jmodeltest si basa sull'ambiente di runtime Java per funzionare con successo, ma questa è l'unica dipendenza che devi fornire. Viene avvolto all'interno di un pacchetto portatile, quindi l'installazione non è richiesta. L'interfaccia di JModeltest è abbastanza semplice, ma le funzioni incorporate all'interno sono di natura più complessa. La maggior parte della GUI è dedicata all'analisi dei dati e le relazioni che derivano da questo processo, che, a seconda delle informazioni contenute all'interno del file sorgente, possono essere piuttosto lunghe. Esistono cinque diverse strategie di selezione e queste sono incorporate all'interno del menu di analisi, come segue: AIC (criterio di informazioni AKAIKE), BIC (criterio informativo bayesiano), DT (teoria della decisione), test del rapporto HILRT (test del ratio di probabilità gerarchica) e media filogenica. Tutti questi possono essere configurati prima del processo di analisi effettivo; Ad esempio, è possibile regolare l'intervallo di confidenza o impostare l'applicazione per eseguire una media di un modello. Per ricaricare, è anche possibile istruire il programma di fare un punteggio di probabilità di probabilità che dipenda da una variazione di tasso personalizzabile e da un modello di albero di base preselezionato. In conclusione, Jmodeltest può salvare gli obiettivi e gli sforzi gli scienziati investirebbero nell'esecuzione di operazioni di analisi del DNA con mezzi tradizionali. Tuttavia, si raccomanda che i risultati siano accuratamente verificati, nel caso in cui. Recensito da Andreea Matei, ultimo aggiornamento il 17 agosto 2014

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