Path-O-GEN è stato sviluppato per essere uno strumento per indagare sul segnale temporale e "clocklikelenzess" delle filogenie molecolari. Può leggere e analizzare gli alberi contemporanei (dove tutte le sequenze sono state raccolte contemporaneamente) e gli alberi da datazione (dove sono state raccolte sequenze a date diverse). È progettato per analizzare gli alberi che non sono stati dedotti sotto un'ipotesi di orologio molecolare per vedere quanto può essere valida questa ipotesi. Può anche radicare l'albero nella posizione che è probabile che sia il più compatibile con l'assunzione dell'orologio molecolare.
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