Il pacchetto Lintree fornisce una serie di programmi per testare l'orologio molecolare su una data topologia di un albero filogenetico. Questi strumenti della riga di comando possono anche essere utilizzati per effettuare alberi linearizzati (rifinire le lunghezze dei rami sotto l'assunzione di tasso costante di evoluzioni. È possibile creare file batch per eseguire le applicazioni con più argomenti quando è necessario lavorare con le sequenze di nucleotide o amminoacidi.
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