Jvirgel. Un software per la simulazione e l'analisi dei dati di proteomica
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Jvirgel. Classifica e riepilogo

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Jvirgel. Descrizione

JVIRGEL è una potente applicazione progettata per determinare i punti isoelettrici teorici (PI) e i pesi molecolari calcolati (MW) delle proteine. Ti consente inoltre di visualizzarli come una mappa proteica neidimensionale (2D) virtuale. L'utente è in grado di controllare la presentazione del gel 2D calcolato in modo interattivo selezionando un intervallo PI / MW e una timidazione elettroforetica di interesse. Caratteristiche principali: Importazione di sequenze di amminoacidi da FAST-, EMBL-FILE o dal database Protorico tramite XML Pronostico e visualizzazione dei secretomi Pronostico e visualizzazione dei proteiomi della membrana Traduzione dell'indice di adattamento del codone (CAI) nella dimensione del punto proteico Esclusione di proteine a membrana dalla visualizzazione Contabilità dei peptidi del segnale e della cleavaggio del silico che si traduce in una maggiore precisione di previsione del PI e MW Esportazione di Gel virtuali per PNG- o JPG-Graphics Abbinamento di un gel sperimentale con un gel virtuale utilizzando diversi algoritmi di regressione ingrandisce in una gamma PH / MW selezionabile dall'utente Le proteine possono essere ordinate in gruppi e tutti i dati possono essere esportati in tabelle CSV o fogli di calcolo MS-Excel Le proteine possono essere colorate in base al loro contenuto di eliche transmembane o la loro probabilità di essere secreta

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