Hon-new. Un metodo per calcolo di distanze non clemente conservative e radicali
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Hon-new. Classifica e riepilogo

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Hon-new. Descrizione

L'applicazione Hon-New è stata progettata per stimare distanze non cesenti e radicali non valide tra le sequenze di DNA di codifica delle proteine. Il metodo viene modificato dal metodo originale di Hughes, OTA e NEI (1990) tenendo conto del pregiudizio della transizione. Sono forniti tre tipi di classificazioni di amminoacidi (carica, polarità e quella di Miyata e Yasunaga). Si può anche definire i cambiamenti amminali amminali conservativi e radicali da se stessi. Si può definire gruppi di amminoacidi in modo che i cambiamenti tra i gruppi siano radicali e all'interno dei gruppi sono conservativi. Per farlo, crea un file chiamato self.div. In questo file, la prima linea dovrebbe essere i gruppi di amminoacidi (ad esempio, nel caso di carica, ci sono tre gruppi ), la seconda riga è il numero di aminoacidi nel primo gruppo, uno spazio e gli amminoacidi nel gruppo. Il codice a una lettera di aminoacidi deve essere utilizzato. La prossima linea sarà l'informazione per il secondo gruppo. È solo bisogno di inserire le informazioni dei primi gruppi N-1, se ci sono n gruppi in totale, poiché l'ultimo gruppo può essere derivato dalle informazioni dei primi gruppi N-1.

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