GZ-GAMMA. Stima del numero previsto di sostituzioni in ciascun sito di amminoacidi
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GZ-GAMMA. Classifica e riepilogo

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sequenza stima acido Sequenza del DNA stima del tempo Titolazione acida. Dna. carattere acido stima disparità Transazione acida Stima della FDR Trova aminoacido Finder Aminoacid cercare amminoacido Analizzatore di aminoacidi Sequenza di amminoacidi amminoacido Traduttore di amminoacidi estrarre aminoacidi stima delle prestazioni stima dell'osmosi soluzione di acido residui di amminoacidi aminoacido ottimale Analizzare l'aminoacido acido nucleico numero di sostituzioni del conteggio analizzare la coppia di aminoacidi Analisi delle coppie degli aminoacidi Grande stima filogenante Analisi della sequenza di aminoacidi Analizzare la sequenza di amminoacidi Classificazione di amminoacidi Topologia aminoacidica. Analisi aminoacid Relazione filogenetica Amminoacido Rilevatore di amminoacidi rilevare aminoacidi stima sforzo Analizzare la catena di amminoacidi loop acido previsto ritorno previsto acid pro ACID Pro 7

GZ-GAMMA. Descrizione

GZ-Gamma è stato sviluppato per stimare il numero previsto di sostituzioni di ciascun sito di amminoacido (nucleotidrico), e il parametro della forma gamma per la variazione del tasso tra i siti, utilizzando una combinazione di inferenza sequenziale ancestrale e massima stima di probabilità quando le relazioni filogenetiche di questi Le sequenze omologhe sono note. Questo pacchetto contiene due programmi: GZ-AA.EXE per sequenze di amminoacidi e GZ-DNA.exe per sequenze di DNA, che sono codificate nella lingua C. Per utilizzare il programma, è necessario un file di input contenente sequenze di amminoacidi (o nucleotidici) e la topologia dell'albero di queste sequenze (vedere ATP6.AA per un esempio). Questo file inizia con due numeri: il numero di sequenze e il numero di siti amminoacidi o nucleotidi (lunghezza della sequenza). La seconda linea sarà il nome della prima sequenza e la terza linea sarà la prima sequenza, e così via. Ogni sequenza dovrebbe occupare una linea senza alcuna interruzione. Solo le lettere (capitalizzate) per i 20 amminoacidi (o 4 nucleotidi) sono consentiti nelle sequenze. Gli spazi vuoti o qualsiasi altro simboli avrebbero dovuto essere già rimossi. L'ultima riga del file è la topologia dell'albero delle sequenze. Il formato dell'albero è lo stesso di quello utilizzato nel pacchetto Phylip. Si noti che l'albero non è sbozzato, quindi la trificazione piuttosto che la bifusione è richiesta per il nodo di ramificazione più profondo

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