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Flexs. Classifica e riepilogo

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Flexs. Descrizione

Flex predice la conformazione e l'orientamento di uno dei ligandi relativi all'altro. In Flexs si presume che il ligando di riferimento sia rigido, quindi, dovrebbe essere dato in una conformazione simile allo stato rilegato. L'algoritmo di sovrapposizione in flexs richiede solo un piccolo intervento manuale. È possibile integrare questa conoscenza nei calcoli con Flex eseguendo manualmente i singoli passaggi. Pertanto, Flexs è progettato per lavori interattivi su coppie di ligandi nonché per lo screening virtuale basato su Ligand. Le due principali applicazioni dei Flexs sono il posizionamento super Ligand (ad esempio per comfa / qsar) e screening virtuale. Se si dispone di una proteina e una piccola molecola vincolante (il cosiddetto riferimento-ligando) ma nessuna struttura della proteina, è possibile prendere la struttura di riferimento come impronta digitale negativa del sito attivo. Flex determina la somiglianza tra il test e la struttura di riferimento allineandoli. Nello screening virtuale, hai un ligando di riferimento e un insieme di composti e sei interessato a dare la priorità ai composti per i test sperimentali.

Flexs. Software correlato