FPG. simula una popolazione di dimensioni costante
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FPG. Classifica e riepilogo

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simulazione simulare simulatore Croce costante Volume costante segnale costante costante mutazione popolazione popolazione mostra la popolazione popolazione mondiale visualizzatore della popolazione mondiale Contatore della popolazione Orologio della popolazione stima della popolazione controllore della popolazione Popups costanti valore costante Nome costante Lister. Elenca il nome costante Nome costante Evoluzione della genetica della popolazione distribuzione della popolazione Calcolatore costante Genetica della popolazione Simulare il bottleneck della popolazione Collo di bottiglia della popolazione Tariffa costante simulatore genetico di popolazione Simulatore di popolazione Dinamica della popolazione monitor della popolazione inibizione costante determinare costante popolazione di autotetraploide simulare un'accelerazione costante Abitizzazione della popolazione stimare i parametri della popolazione Dimensioni della popolazione efficace Struttura genetica della popolazione simulare la popolazione Simulazione della popolazione popolazione demografica popolazione genetica Definire i gruppi di popolazione gruppo di popolazione Popolazione Haploid stratificazione della popolazione analizzare la popolazione analisi della popolazione Simulazione genetica della popolazione Costante di dissociazione

FPG. Descrizione

Il nome FPG rappresenta la simulazione genetica della popolazione in avanti. FPG simula una popolazione di dimensioni costante che sta subendo vari processi evolutivi, tra cui: mutazione, ricombinazione, selezione naturale e migrazione. Il significato di "Avanti" in questo contesto è semplicemente quel tempo, all'interno della simulazione, si muove in avanti proprio come nel mondo reale. Questo è in contrasto con la simulazione genetica della popolazione coalescente in cui il tempo, come rappresentato all'interno della simulazione, procede nel passato. Le simulazioni coalescenti hanno molti vantaggi, ma sono ingombranti se incorporano la selezione naturale su più siti. FPG è utile per valutare l'impatto della selezione naturale sui modelli di variazione genetica. È progettato in modo da poter approssimare situazioni del mondo reale con dimensioni della popolazione abbastanza grandi e alti tassi di mutazione su lunghi tratti di DNA. Il modello di mutazione è un modello di siti infiniti, il che significa che nessun sito che si sta segregando nella popolazione può ricevere un'altra mutazione. La simulazione può ospitare mutazioni neutre, benefiche e deleterie in diversi modelli di fitness, tra cui modelli additivi, moltiplicativi ed epistitici. Il programma genera un'ampia varietà di analisi, compresi i livelli di polimorfismo, eterozigosi (osservati e previsti), tassi di fissazione e squilibrio del collegamento - tutti condotti per ciascuna delle diverse categorie di mutazione. Quando la migrazione in invocata, diverse analisi riguardanti la struttura della popolazione vengono eseguite. Il ciclo di vita di base si alterna tra i genomi di Haploid (gameti) e i genomi diploidi (zigoti) e procede come segue: - I gameti sono abbinati a caso in zigoti - Il fitness è misurato per ogni zygote in funzione delle mutazioni che porta. Se il dominio è impostato su 0,5, il modello è simile nella maggior parte degli aspetti a un modello di selezione Haploid. - Il successo riproduttivo è il numero di gameti contribuito alla prossima generazione, ed è determinato per ogni zygote disegnando da una distribuzione multinomiale con aspettative che sono i relativi valori di fitness di ogni classe di fitness. - La ricombinazione e la mutazione si verificano durante la produzione di gameti - Se ci sono più popolazioni, i gameti vengono disegnati a caso da ciascuna popolazione e collocati a caso in altre popolazioni. Quei gameti che sono sfollati dai migranti sono persi, quindi la migrazione aggiunge un elemento extra di deriva genetica. Questo è un modello di migrazione dell'isola - I nuovi zigoti sono formati da unione casuale dei gameti. Le generazioni sono non sovrapposte.

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