Dnadistree. Un software per l'inferenza filogenosa basata sulla distanza dalle sequenze di DNA.
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Dnadistree. Classifica e riepilogo

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Dnadistree. Descrizione

Dnadistree è progettato per inferire alberi filogenetici basati sulla distanza che mostrano relazioni topologiche accurate tra le specie. Più precisamente, Dnadistree esegue diversi passaggi successivi: 1. Legge gli allineamenti di sequenza del DNA (nucleotidi o codici); 2. Stima le distanze imparziate a coppie tra ogni coppia di sequenze. Per questo obiettivo, Dnadistree utilizza numerose formule spesso basate su modelli evolutivi di modelli DNA o codon (vedere qui per ulteriori dettagli); 3. Costruisce l'albero filogenetico grazie a quattro algoritmi agglomerati; 4. Calcola misure statistiche relative alle matrici a distanza e / o agli alberi basati sulla distanza. Tuttavia, Dnadistree non è progettato per stimare le robuste lunghezze dei rami; Si consiglia di utilizzare Fitch (nel pacchetto Phylip), FastMe, Phyml o Paml con gli alberi dedotti da Dnadistree come albero utente per stime di lunghezza di ramo a distanza più precise. Dare Dnadistree a cercare di vedere cosa è davvero capace!

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