Convergere Evoluzione convergente e parallela a livello di sequenza di amminoacidi
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Convergere Descrizione

Questa applicazione è stata sviluppata per testare l'evoluzione convergente e parallela a livello di sequenza di amminoacidi. Calcola le probabilità che le sostituzioni convergenti e parallele osservate siano attribuibili a caso casuale. Questo pacchetto contiene un programma: converg2.exe, che è scritto nella lingua C. Per utilizzare il programma, è necessario un file di input contenente le sequenze di amminoacidi e la topologia dell'albero di queste sequenze (vedi Lysozyme.AA per un esempio). Questo file inizia con due numeri: il numero di sequenze e il numero di siti di amminoacidi (lunghezza della sequenza). La seconda linea sarà il nome della prima sequenza e la terza linea sarà la prima sequenza, e così via. Solo il codice una lettera (capitalizzato) per i 20 amminoacidi sono consentiti nelle sequenze. Le sequenze devono essere allineate e gli spazi vuoti o altri simboli saranno già rimossi. L'ultima riga del file è la topologia dell'albero delle sequenze. Il formato dell'albero è lo stesso di quello utilizzato nel pacchetto Phylip (Felsenstein 1995). Si noti che l'albero non è sventato, quindi la trificazione piuttosto che la bifusione è richiesta per il nodo di ramificazione più profondo.

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