BN-BS. Stima di lunghezze dei rami in termini di sostituzioni sinonimo e non personali
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BN-BS. Classifica e riepilogo

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Stima stima Consolidamento Branch Office ramo strategia della filiale Ramo ActiveX. Confronto del ramo Tasso di nonsynonimo distanza sinonimo distanza non sinonimo Radicale nonsonynonyming distanza Sostituzione sinonimo Sostituzione nonsynonymus. Stima della lunghezza del ramo Lunghezza del ramo Codice Branch Name. Codice ramo della biblioteca accesso ramo sinonimo

BN-BS. Descrizione

L'applicazione BN-BS è stata sviluppata per stimare le lunghezze dei rami in termini di sostituzioni sinonimo e non sinonimo per sito, mentre la topologia dell'albero è data. Il programma utilizza il metodo di Nei-Gojobori modificato per stimare le distanze sinonimi e non cronometriche a coppie, tra le sequenze attuali e quindi stimare le lunghezze dei rami e le loro varianze utilizzando il metodo ordinario dei minimi quadrati. Per utilizzare il programma, è necessario un file di input contenente le sequenze di DNA di codifica proteica (vedi Infle per un esempio). Questo file inizia con due numeri: il numero di sequenze e il numero di nucleotidi per sequenza (lunghezza della sequenza). La seconda linea sarà il nome della prima sequenza e la terza linea sarà la prima sequenza, e così via. Solo A, G, C, T, A, G, C, e T sono ammessi in sequenze. Le lacune devono essere rimosse e le sequenze dovrebbero essere allineate in anticipo. L'ultima riga del file è la topologia dell'albero delle sequenze. Il formato dell'albero è lo stesso di quello utilizzato nel pacchetto Phylip (Felsenstein 1995). Si noti che l'albero non è sbozzato, quindi la trificazione piuttosto che la bifusione è richiesta per il nodo di ramificazione più profondo

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