Antenato Inferenza delle sequenze di aminoacidi ancestrali dal metodo Bayesiano basato sulla distanza
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Antenato Classifica e riepilogo

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Antenato Descrizione

L'applicazione antenata è stata progettata per dedurre sequenze di amminoacidi ancestrali da una serie di sequenze di amminoacidi omologhi le cui relazioni filogenetiche sono note. Questo pacchetto contiene un programma: antenato.exe, che è scritto nella lingua C. Per utilizzare il programma, è necessario un file di input contenente le sequenze di amminoacidi e la topologia dell'albero di queste sequenze (vedi Lysozyme.AA per un esempio). Questo file inizia con due numeri: il numero di sequenze e il numero di siti di amminoacidi (lunghezza della sequenza). La seconda linea sarà il nome della prima sequenza e la terza linea sarà la prima sequenza, e così via. Solo il codice una lettera (capitalizzato) per i 20 amminoacidi sono consentiti nelle sequenze. Le sequenze devono essere allineate e gli spazi vuoti o altri simboli saranno già rimossi. L'ultima riga del file è la topologia dell'albero delle sequenze. Il formato dell'albero è lo stesso di quello utilizzato nel pacchetto Phylip (Felsenstein 1995). Si noti che l'albero non è sbozzato, quindi la trificazione piuttosto che la bifusione è richiesta per il nodo di ramificazione più profondo

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