Anc-gene. Inferenza delle sequenze di geni ancestrali dal metodo Bayesiano basato sulla distanza
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Anc-gene. Classifica e riepilogo

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Anc-gene. Descrizione

L'applicazione ANC-GENE è stata sviluppata per essere un piccolo strumento di riga di comando per l'inferenza delle sequenze di nucleotidi ancestrali dei geni di codifica proteica da un insieme di sequenze di presenti al giorno le cui relazioni filogenetiche sono note. Il programma subisce per la prima volta gli amminoacidi dal metodo Bayesiano basato sulla distanza, e poi definisce le sequenze di nucleotidica sottostanti fissando gli amminoacidi inferiori. Per utilizzare il programma, è necessario un file di input contenente le sequenze di DNA e la topologia dell'albero di queste sequenze (vedere rnase.seq per un esempio). Questo file inizia con due numeri: il numero di sequenze e il numero di nucleotidi per sequenza (lunghezza della sequenza). La seconda linea sarà il nome della prima sequenza e la terza linea sarà la prima sequenza, e così via. Solo A, T, C, G, A, T, C e G sono consentiti nelle sequenze. Le sequenze devono essere allineate e gli spazi vuoti o altri simboli vengono rimossi. L'ultima riga del file è la topologia dell'albero delle sequenze. Il formato dell'albero è lo stesso di quello utilizzato nel pacchetto Phylip (Felsenstein 1995). Si noti che l'albero non è sventato, quindi la trificazione piuttosto che la bifusione è richiesta per il nodo di ramificazione più profondo.

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