| | Varscan.Rilevamento variante in dati sequenziali in parallelo massicciamente |
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Varscan. Classifica e riepilogo
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- Licenza:
- Freeware
- Prezzo:
- FREE
- Nome editore:
- Daniel C Koboldt
- Sito web dell'editore:
- http://www.massgenomics.org/about
- Sistemi operativi:
- Mac OS X
- Dimensione del file:
- 59 KB
Varscan. Tag
Varscan. Descrizione
Rilevamento variante in dati sequenziali in parallelo massicciamente Varcan č uno strumento software indipendente indipendente dalla tecnologia gratuito e open source, indipendente dalla piattaforma per l'identificazione di SNPS e si occupa di sequenziamento in parallelo massicciante di campioni individuali e raggruppati. Dato dati per un singolo campione, Varcan identifica e filtri varianti germinali basati su conteggi di lettura, qualitą di base e frequenza allele. Dato dati per una coppia tumorale-normale, Varscan determina anche lo stato somatico di ciascuna variante (germinale, somatica o loh) confrontando i conteggi di lettura tra campioni. Ecco alcune caratteristiche chiave di "varscan": · Chiama SNPS e Industri da Samtools Pilep Files · Filtri varianti mediante copertura, profonditą di lettura, frequenza variante e qualitą di base · Determina lo stato somatico (somatico, germinale, loh) per coppie tumorali-normali · Confronta, si fonde e interseca due elenchi di varianti · Limita le varianti chiamate a una serie di posizioni target o regioni di destinazione · GRATIS per uso non commerciale. Requisiti: · Java.
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