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Fornisce un facile accesso alle immagini di Nifti da Python Pynifti utilizza involutori generati da SOGGED per la libreria di riferimento NIFTI e fornisce la classe di NiftiIimage per l'accesso in stile Python al DATA IMMAGINE.nifti è un nuovo formato di dati in stile analizzato, proposto dal gruppo di lavoro del formato dati di Nifti come "a breve termine Misura per facilitare l'interoperazione dei pacchetti software funzionali dell'analisi dei dati della MRI ". Nel frattempo un certo numero di toolkit sono nifti-consapevoli (ad esempio FSL, AFNI, SPM, Freesurfer e A in un certo grado anche BrainVoyager). Inoltre, Dicomnifti consente la conversione diretta da immagini di Dicom nel formato di Nifti. Quando Pynifti non è ancora completo (cioè non supporta tutto ciò che la Biblioteca C può fare), ti fornirà già l'accesso alle caratteristiche più importanti del Libriftioio Capacità e formato di dati Nifti-1.Nota: Pynivti è sviluppato, fornito e concesso in licenza ai sensi della licenza MIT. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Pynifti": · Pynifti può leggere e scrivere qualsiasi formato di file supportato da Libniftioio. Ciò include Nifti (singoli e coppie) e analizzare i file, sia anche nelle versioni GZipped. · Pynifti fornisce un accesso veloce e conveniente ai dati dell'immagine tramite matrici di Numpy. Ciò dovrebbe consentire agli utenti di elaborare i dati dell'immagine con la maggior parte (se non tutte) routine numeriche disponibili per Python. L'array di Numpy utilizza automaticamente un tipo di dati corrispondente ai dati di immagine NIFTI - non viene eseguito alcuno autocasting non necessario. · Pynifti fornisce accesso completo e accesso in scrittura ai dati di intestazione di Nifti. Le informazioni dell'intestazione possono essere esportate in un dizionario Python e possono essere aggiornate anche utilizzando informazioni da un dizionario. · Oltre ad accedere ai dati di Nifti da file, Pynifti è in grado di creare immagini di NIFTI da array Numpy. Le informazioni di intestazione Nifti appropriate sono determinate dalle proprietà dell'array. Le informazioni di intestazione aggiuntive possono essere specificate opzionalmente - rendendolo facile da clonare le immagini di Nifti, se necessario, ma con modifiche minori. · La maggior parte delle proprietà delle immagini NIFTI è accessibile tramite attributi e / o funzioni accessori della niftiimage. Le proprietà inter-dipendenti vengono automaticamente aggiornate se necessario (ad esempio la modifica della matrice del modulo Q aggiorna anche le proprietà PIXDIM e la rappresentazione del quaternione). · Tutte le proprietà sono accessibili tramite Datatipi in stile Python: a 4x4 Matrix è un array non 16 numeri individuali. · Pynifti dovrebbe essere risuonabilmente veloce. I dati dell'immagine verranno caricati solo nella memoria se necessario. Basta aprire un file NIFTI per accedere ad alcuni dati di intestazione vengono eseguiti praticamente senza ritardi indipendenti dalla dimensione dell'immagine. A meno che il ridimensionamento dell'immagine non sia necessario eseguire la conversione dei dati dell'immagine, i dati dell'immagine possono essere condivisi dall'immagine NIFTI e accedendo agli array di NutyPy e quindi la memoria non verrà sprecata memoria con copie ridondanti dei dati dell'immagine. Tuttavia, si dovrebbe fare attenzione a creare una copia dei dati dell'immagine se si intende ridimensionare e lanciare i dati dell'immagine (consultare il docstring del metodo Niftiimage.asarray ()). · Inoltre Pynifti può accedere a nifti o analizzare i file non compressi fornendo accesso mappato a memoria a loro tramite gli array di memmap di Numpy. In questa modalità è possibile modificare i file esistenti di qualsiasi dimensione senza doverlo caricarli in memoria. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Questa versione è la prima di una serie che mira a stabilizzare l'API e infine il risultato in Pynifti 1.0 con il pieno supporto dello standard Nifti1. · L'intero pacchetto è stato ristrutturato. Il rinominamento incluso `nifti.nifts (immagine, formato, canobs)` a `nifti. (Immagine, formato, canobs)`. I moduli di reindirizzamento assicurano che il codice utente esistente non si romperà, ma emetteranno un deprecationWarning e verranno rimossi con il rilascio di Pynifti 1.0. · Aggiunta un'estensione speciale in grado di incorporare qualsiasi oggetto Python serializzabile nell'intestazione del file NIFTI. Il contenuto di questa estensione viene automaticamente espanso su richiesta nell'attributo ".Mate" di ogni niftiimage. Quando si salva i file su disco il contenuto del dizionario viene automaticamente scaricato automaticamente in questa estensione. I meta dati incorporati non vengono caricati automaticamente, poiché ciò ha implicazioni di sicurezza, poiché il codice dall'intestazione del file è effettivamente eseguito. La documentazione menziona esplicitamente questo rischio. · Aggiunto: classe: `~ nifti.extensions.niftiestensions`. Questo è un gestore di contenitori per accedere e manipolare le estensioni di intestazione di Nifti1. · Esposto: Classe: `~ nifti.image.memmappedniftiimage` nel modulo radice. · Mosso: Func: `~ nifti.utils.cropimage" nel: Mod: `~ nifti.utils` Modulo. · Da ora in poi Sphinx viene utilizzato per generare la documentazione. Ciò include un riferimento di moduli che sostituisce quel vecchio riferimento API. · Metodi aggiunti: Meth: `~ nifti.format.niftiFiformat.vx2q` e: Meth:` ~ nifti.format.niftiformat.vx2s` per convertire gli indici Voxel in coordinate definite da QFORM o Sform rispettivamente. · Aggiornamento dei valori del `` cal_min` e `cal_max` nell'intestazione di Nifti quando si salva un file è ora condizionale, ma rimane abilitato per impostazione predefinita. · Set completo di metodi da interrogare e modificare le unità di assi. Ciò include l'espansione del precedente campo `XYZT_Units` nel dizionario dell'intestazione nel dizionario di intestazione nel` modificabile del `Xyz_Unit` &` time_unit`. Il precedente campo `XYZT_Units` non è più disponibile. · Set completo di metodi da interrogare e manuipulare i codici QForm e Sform. · Ogni istanza dell'immagine è ora in grado di generare una discarica leggibile dall'uomo delle sue informazioni di intestazione più importanti tramite `__str __ ()`. ·: Classe: `~ nifti.image.niftiimage` Gli oggetti possono ora essere in salamoia. · Passato a distidi di Numpy per costruire il pacchetto. Pulito e semplificato la procedura di compilazione. Aggiunti bandiere di ottimizzazione a Swig Call. ·: Attr: `nifti.image.niftiimage.filename` può essere utilizzato anche per assegnare un nome file. · Introdotto: Dati: `nifti .__ Versione__» come stringa di versione canonica. · Rimosso `updateqformfromquarvion ()` dall'elenco dei metodi pubblici di: Classe: `~ nifti.format.niftiformat`. Questo è un metodo interno che non dovrebbe essere utilizzato nel codice utente. Tuttavia, un reindirizzamento al nuovo metodo rimarrà sul posto fino a Pynifti 1.0. · Bugfix :: Meth: `~ nifti.image.niftiimage.getScaledData` Ritorna un array di dati non modificato se" pendio "è impostato su zero (come richiesto dallo standard Nifti). Grazie a Thomas Ross per la segnalazione. · BugFix: i nomi dei file Unicode sono ora gestiti correttamente, purché non contengano caratteri pura-unicode (poiché la libreria Nifti non li supporta). Grazie a GA? L Varoccaux per aver segnalato questo problema.

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