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Libreria Java open source per chimica computazionale Il kit di sviluppo della chimica (CDK) è una biblioteca Java per la biografia e la chemioinformatica e la chimica computazionale. Il kit di sviluppo della chimica è la base di altri progetti come JConempa, Seneca, JMOL e Nmrsshiftdb. Requisiti: · Java. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Nome param fisso · Aggiornato l'obiettivo MakeFPP3D per funzionare con il sistema di compilazione corrente · Impostare un ramo per la versione 1.2.4 · Corregge Bug 2898399. Aggiornamenti del parser intelligente per gestire la corretta corrispondenza per gli idrogen espliciti (incluso H, 1h, 2h e 3h). SmartSqueryVisitor aggiornato per tenere conto di diversi isotopi di H. anche test dell'unità aggiornati per tenere conto della corretta corrispondenza H. Aggiunta un test dell'unità per controllare l'abbinamento H. · Aggiunti test per abbinare gli hydrogens · Revisionato i test per Bug 2898032. Aggiornato Javadocs per Generatore dei sorrisi · Aggiunto test dell'unità per confermare e controllare il bug 2898032 · Aggiornato UIT per gestire le query di Atom singole e aggiungere un test unitario per Bug 2888845. Anche aggiornato Javadocs per notare specificamente il comportamento delle query singole atom · Aggiunta generazione di barattoli di fonte Java · Corrispondenti per consentire XML senza nuove linee (chiude # 2832835) · Aggiunti test dell'unità per il rilevamento di file XML Pubchem. · Sovrascrivi i test dell'unità, poiché non ci sono eventi di modifica passati affatto per le implementazioni dell'interfaccia di notificazione · Aggiunti test dell'unità mancante per la propagazione dell'evento Ichemmodel per il campo ICRYSTAL · Propagazione fissa di eventi di modifica a Ichemmodel quando le modifiche sono realizzate in iChEmobjects · Test dell'unità fissa: il Ichemmodel.setFoo (NULL) dovrebbe effettivamente dare un evento di cambiamento sull'ascoltatore del Ichemmodel, e non dopo la registrazione dell'oggetto Foo. · Aggiunto il test dell'unità alla funzione della nuova impostazione IO per forzare l'output della coordinata 2D. · Aggiunta l'opzione scrittore IO per forzare la scrittura di coordinate 2D se sono presenti anche coordinate 3D, che ora sono preferibilmente emerse. · Aggiunto test dell'unità per verificare che se sono disponibili coordinate 2D e 3D, vengono emesse le coordinate 3D. · Taglet fissi: restituire solo HTML se il tag è realmente dato; Il metodo Tostring () è dato per tutti i casi, non solo quando viene trovato il tag · Bug fisso che stava causando varie parti della descrizione della descrizione di fallire - stava cercando di istanziare una classe non descrittore che accade per risiedere nella directory del pacchetto descrittore. Questa correzione è un po 'kludgy - idealmente solo i descrittori dovrebbero essere in quella directory · Corregge Classcastexception quando non imolecole · Aggiornato a PMD 2.4.5 con molte correzioni di bug, dando relazioni di errore più accurate · Aggiunta dipendenza mancante su CDK-DIFR, utilizzato in uno dei test dell'unità · Nomi di metodi fissi per adattarsi a quelli nella classe di test · Nome del metodo di prova fisso per abbinare i polpatti attesi, fissando un test di copertura fallimento · Rimosso Codice duplicato: Molecolarformulatest ora si estende AbstractMolecularformulatest · Annotazione del metodo di prova fisso per indicare il metodo giusto · Aggiunta l'annotazione @testmethod mancante · Aggiunti moduli che mancavano dal test PMD · Aggiunti moduli che mancavano dal test DocCheck · Patch per bug 2843445. Mira a risolvere la generazione di coordinate NAN di SDG · Fissare il test dell'unità per non dare un'eccezione di "ingresso deve supportare il marchio" su alcune piattaforme, avvolgendo il inputstream in un bufferedinputStream. · Aggiunte dipendenze mancanti · Aggiunto Ioframats ai moduli da testare · Utilizzare Stringbuilder per aggregare i dati sul campo, che fornisce un enorme aumento delle prestazioni per il file SD in cui si trova i dati del campo multilinea. · Utilizzare StringBuilder per aggregare i dati del campo, che fornisce un enorme aumento delle prestazioni per il file SD in cui molti dati sul campo, come il Chebi_Complete.sdf · Fatti di fasi nella lettura del blocco dati del file SD · La versione urtata, per chiarire questo non è la versione 1.2.3 · Risolto la registrazione sul tag cdk.threadnonsage (chiude # 2796362) · Rimosso il modello obsoleto dal vecchio tag Svnrev · Risolto Javadoc per rimuovere le tracce del vecchio tag SVNREV · Messaggio di eccezione sincronizzato con implementazione (correzioni # 2844333) · L'elettronegatività pauling viene copiata anche in configurazione. Non riesco a capire perché non copiare tutto ciò che abbiamo. · Aggiunta annotazione del bug · Caso di prova per bug # 2846213 · Risolto la percezione di n.planar3 dove è stato rilevato N.SP2, prendendo in considerazione il numero di idrogeno dato. · Risolto la percezione del benzene con tutto il singolo legame, ma il conteggio dell'idrogeno 1 e le obbligazioni contrassegnate aromatiche. In questo caso, il tipo è c.sp2 non c.sp3. · Aggiunte affermazioni al test unitario per i valori non nullo · Aggiunti due test dell'unità per lo stesso problema: i tipi di atomo di carbonio non sono correttamente percepiti se le informazioni sull'ordine obbligazionario sono solo single e il conteggio dell'idrogeno e la bandiera dell'aromaticità è impostato. · Trasferito la lezione in un pacchetto Org.Openscience.cdk, che sembra funzionare ora. Sono perplesso perché non l'ha prima. Risolto più test Unità fallisce. · Merge Branch 'CDK-1.2.x' di SSH: //egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk in CDK-1.2.x · Non navigare il barattolo Xom per consentire di avere il customSerializer · Errore fisso Javadocs · Risolto un tag javadoc sbagliato. Anche rimosso il tag SVN nel file JJT del parser intelligente, sostituito con tag git · Supporto aggiunto per "Enum di pubblico · Bug corretto in Bondtools.isstereo (IAtomContainer Container, IAOM Stereoatom). Un confronto dei simboli Atom in un ciclo nidificato stava usando due volte il banco del ciclo esterno. Nota ha funzionato prima, perché c'è una sorta di fallback a numeri di morgan. Fallback a Morgan (correzioni # 2830287) · Aggiunto un nuovo test per Bondtools · Risolto incoerenza tra accetti () e scrittura: supporta anche la scrittura di Iatomcontainerset e Iatomcontainer come accetta () indica (correzioni # 2827745) · Test generale per testare la coerenza tra la scrittura () e accetta (), verificare che tutti gli Ichemobject possono essere scritti anche · Aggiunto test unità per bug # 2826961: Atomo incoerente digitando per due sorrisi. Il test dell'unità non mostra un fallimento, escludendo un bug CDK · Rimuovere la dichiarazione errata dei tiri · Bug ha trovato il calcolo della massa esatta data una formula molecolare quando è carica negativa. · Risolto la lettura del database CDK / Dict / Data / Elements.Owl che è ora in Gufo · Problema fisso 2458210: utilizzare assertnotnull (foo) ecc. Invece di asserttrue (foo! = Null). · Aggiunti equivalenti minimi per BondManiPulator.getMaximumbondorder () Metodi · Corregge le asserzioni: dopo la rimozione * No * Modifica deve essere registrata · Aggiunta l'opzione IO per disabilitare il generatore di dichiarazioni di dichiarazione XML nell'output cml. · Aggiunto generico e codice consistente restituire sempre un elenco degli stessi "?". (E circa 80 grasse di caratteri nei javadocs.) · Aggiunti test dell'unità per verificare che quando un set di è stato rimosso da un chemmodel, il chemmodel dovrebbe annullare la registrazione come listener. · Aggiunti test dell'unità per la propagazione degli eventi da set a chemmodel. · Più test delle bandiere. · Fix for Junior Job ID: I metodi di prova dovrebbero lanciare solo un'eccezione. · Risolti le importazioni mancanti e avvolte a 80 caratteri Migliore gestione di ExcPetioning in Builder3D: · Serialisazione fissa di IAOM con carica formale NULL per non causare NullPointeraxceptions · Aggiunto test dell'unità per la serializzazione delle cariche formali nulli nel formato MDL Molfile (che attualmente fallisce) · Aggiornato Javadocs per SMARTS Query Tool per indicare funzionalità non supportate · Pulizia del file sorgente per rimuovere le terminazioni della linea spuria

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