Generecon GENERENCON è un pacchetto software per la mappatura dello squilibrio del collegamento utilizzando la teoria coalescente.
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Linkage. squilibrio mappatura disequilibrio teoria coalescente Mappatura genica GeneRecon

Generecon Descrizione

GENERECON è un pacchetto software per la mappatura dello squilibrio del collegamento utilizzando la teoria coalescente. GENERECON è un pacchetto software per la mappatura dello squilibrio del collegamento utilizzando la teoria coalescente. Il progetto Genecon è basato su un metodo Bayesian Markov-Catena Monte Carlo (MCMC) per la mappatura del gene del gene-in scala fine-squilibrio con mappe di marcatori ad alta densità.Generecon Modelli esplicitamente la genealogia di un campione dei cromosomi in prossimità di una malattia locus. Dato il caso e il controllo dei dati sotto forma di informazioni di genotipo o aplotipo, stima un numero di parametri, soprattutto, la posizione della malattia.Generecon è scritta in schema C ++ e GUILE ed è disponibile come codice sorgente (sotto la GNU General Public License, GPL) e come versioni binarie come file RPM Linux.Il codice sorgente è stato compilato correttamente su vari sistemi Linux e Unix, sotto OS X e sotto Windows con cygwin.AS Ho solo accesso limitato alle architetture diverse da Linux, non è possibile Per me per fare distribuzioni binarie per altre piattaforme, ma se qualcuno è disposto a costruire le distribuzioni che sarò più che felice di metterli su questo sito.Installazione: $ tar zxf generecon-versione.tar.gz $ CD GenereCon-versione $ ./configure$ effettuare $ Make Assegno $ Make Installage: Genecon è avviata dalla riga di comando; I dati di input e i parametri per l'analisi sono descritti in uno o più script di configurazione scritti nel linguaggio di programmazione schema. Avvio del generecon con lo script di configurazione input.scm viene eseguito come: $ Genefon input.ScmRun Genecon --Help per ottenere un elenco completo delle opzioni della riga di comando accettata da GenereCon o vedere Guida introduttiva per una guida rapida per eseguire GenereCon.Questo In questa versione: · Questa versione fissa un errato prima dell'albero coalescente che ha portato a tempi di convergenza molto lunghi. · La correzione migliora notevolmente sia l'accuratezza che il numero di iterazioni necessarie per la mappatura accurata.

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