Asgard. Asgard è un software di ricostruzione per via metabolica.
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Asgard. Classifica e riepilogo

Asgard. Tag

passaggio metabolico Ricostruzione del percorso Annotazione di sequenza biologica metabolico sentiero ricostruzione

Asgard. Descrizione

Asgard è un software di ricostruzione per via metabolica. Asgard è un software di ricostruzione per via metabolica, ma genera anche altri tipi di annotazione di sequenza biologica (numeri GO, BLAST report). L'utensile Asgard è destinato a essere eseguito in sistemi simili a Unix e supporta SGE o PBS.Sgard e la sua documentazione vengono rilasciati sotto la GNU GPL V.3 e GNU FDL v. 1.2 (Si prega di consultare Doc / Copying e Doc / Doc_license per il Licenze). Anche sembusto viene rilasciato sotto il GPL, il codice sorgente non è incluso in Asgard poiché i binari inclusi sono stati compilati senza modifiche dall'originale. Se si desidera che il codice sorgente per lo splitter, ti preghiamo di contattarmi o ottenerlo direttamente dalla distribuzione di Emboss.Pli prega di controllare il manuale (DOC / ASG_Manual.pdf) nella directory / doc per i dettagli sull'installazione e nell'utilizzo di Utilities Asgard e Accompagnamento. : -v Visualizza la versione e le uscite del programma; -H Visualizza questo messaggio di guida e uscite; questo programma può essere eseguito a partire da sequenze di DNA lunghe o DNA di DNA o sequenze di proteine del gene. -w Utilizzare questa opzione se hai piccole sequenze per annotare - non saranno suddivise in sequenze più piccole per esplodere. (Predefinito: sequenze lunghe) - Il file GFF non viene creato, -G e -s vengono ignorati; -B fai prima esplosione contro il DB Generale solo e fermati (nessuna ricostruzione metabolica); -Q Inizio dal secondo passo della pipeline (esplosione contro DB Generale precedentemente eseguita); -z fa solo la scorsa fase della tubazione (secondo, "inversa" Blasto già fatto); Obbligatorio: -I file fa veloce con la sequenza (s) che si desidera annotare; -P Blast programma da utilizzare, uno di Blastn, Blastp, Blastx, TBlastn o TBlastx (consultare la documentazione di esplosione se non si sa quale utilizzare); -d Blast Database da utilizzare (generato da FormatDB, vedere Documenti BLAST; per ricostruzioni metaboliche, questo database è idealmente derivato da SwissProt; solo per la Blasta Generale, qualsiasi database); * -F File con sequenze Facta corrispondenti al database BLAST; -L Posizione dei file di mappatura, necessari per l'ultima fase di ricostruzione (-Z); opzionale: -e valore e-valore da utilizzare nelle ricerche di esplosione (predefinito: 1E-6); -P non inviare lavori al software di pianificazione (PBS / SGE); -J Numero massimo di hit per tornare in ogni ricerca di esplosioni (10); -m Formato di output per risultati di esplosioni (solo valido per -b, impostazione predefinita: 8); -s Dimensione per rompere la sequenza originale, se non si utilizza -w (500 BP); -n Numero di nodi da utilizzare per esplosioni, prima iterazione (10); -Un numero di processori per nodo da utilizzare per ogni comando BLAST (1); -k Mantieni file intermediari (Blast database e risultati), il valore predefinito lo sta cancellando - possono richiedere molto spazio. -b Eventuali parametri aggiuntivi che si desidera utilizzare per BLAST, questo deve essere circondato da citazioni (doppio o singolo), come "-f f" o '-f f ", ad esempio, o l'uscita sarà sbagliata.

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