Step: Svm Technique per la valutazione dei peptidi proteitotipici Applicazione per valutare i peptidi proteitotipici
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Step: Svm Technique per la valutazione dei peptidi proteitotipici Descrizione

StepP è un'utilità avanzata progettata per calcolare un punteggio che rappresenta come "proteotipico" un peptide è da LC-MS. Il programma può leggere un file proteico, eseguire una digestione in-silico e calcolare il punteggio di osservabilità per ogni peptide triptico o parzialmente triptico. Si noti che i punteggi più grandi (positivi) significano un peptide è previsto per essere più proteitootipico mentre i punteggi inferiori (negativi) significano che il peptide non sia previsto per essere proteitootipico. Il modello SVM utilizzato da STEPP è un semplice spazio descrittore basato su 35 proprietà del contenuto di amminoacidi, carica, idrofilabilità e polarità per la previsione quantitativa dei peptidi proteitotipici. Il modello è stato addestrato e convalidato con tre database AMT derivati indipendentemente (Shewsanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). L'SVM ha provocato una misura di precisione media di ~ 0.8 con una deviazione standard inferiore a 0,025.

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