Ideogrambrowser. Uno strumento Java per la visualizzazione di aberrazioni genomiche che utilizzano array SNP Affymetrix
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Ideogrambrowser. Classifica e riepilogo

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analisi spettatore Visualizza Dominio cromosomico cromosomalo annotazione cromosomica Viewer del mosaicismo cromosomico Visualizza sequenza cromosoma. Chromosome Sequence Viewer. Rappresentazione Karyotypica Haplotipo Y-cromosomico Y-Chromosomal. Java Antivirus Pratica di immissione dei dati www.itunes.com. www.films.com. www.amit.com. www.webcam.com. www.vedio.com. www.www.mp3player.com www.xchanger.mobi.com. www.rapidshare.com. www hotspot shield.com

Ideogrambrowser. Descrizione

Il IDeogrambrowser può essere utilizzato per confrontare facilmente un set di file di output dallo strumento di analisi del numero di copia del cromosoma Affymetrix. La perdita di eterozigosi (loh) o i marcatori di perdita / guadagno sono tracciati contro la loro corrispondente regione cromosomica in una rappresentazione karyotypica insieme ai geni. Caratteristiche: * Tracciare i marcatori SNP in un Karyogram (sempre nuovo generato dalla tabella IDeogram della NCBI MapView Build Build 36.2 Database). Vedere l'appendice A per la modifica del database predefinito. * Le dimensioni dell'array SNP di 10K, 50K, 100K e 500K possono essere importate dallo strumento di analisi del numero di copia Affymetrix (CNAT 3 e CNAT 4) direttamente nel formato del file CNT (versione 1.0 e 1.1). * Una scheda Generale Il formato del file di testo delimitato può essere importato per l'importazione dei dati esteri (ad esempio generati da un'applicazione foglio di calcolo come Microsoft Excel). Quindi il software non è limitato agli array SNP Affymetrix e allo strumento di analisi del numero di copia Affymetrix (CNAT 3 e 4). L'analisi SNP può essere combinata ad es. con dati di array cgh. Il nuovo formato CNAT 4 divide i marcatori LOH in un secondo file. Se i file hanno lo stesso prefisso, i file LOH vengono automaticamente caricati automaticamente all'apertura di un file COPY Number (CN). * Tracciare i marcatori geni da una copia locale del database NCBI MapView (Build 36.2) * Elaborazione batch / più importazione di file. Fusione dei file divisa. * Thresholding of Log2Ratios, Loh (perdita di eterozigosi), SPA (numero di copia dell'analisi a punto singolo) e GSA (numero di copia liscia del genoma) Valori per la generazione di marcatori (quest'ultimo è disponibile solo per i chip con più di 10K SNPS). * Riduzione del rumore tramite funzionalità di filtraggio * Rappresentanza della regione di conensus. * Collegamenti a http://www.gencards.org * Esportare in formato JPG, SVG e PDF. * Funzionalità di stampa (la stampa potrebbe non funzionare sotto Linux in combinazione con tazze - questo è un problema Java 1.5 / tazze: esportare i diagrammi come PDF e Stampa E.G. Con Acrobat Reader) * Eccetera.

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