Ssa. Un programma per inferire la massima phylogies di massima verosimiglianza dalle sequenze di DNA
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Ssa. Classifica e riepilogo

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Ssa. Descrizione

SSA è stato sviluppato per essere un programma per inferire le massime filogenie di massima probabilità dalle sequenze di DNA. Sono disponibili due versioni del programma: una che assume un orologio molecolare e uno che non rende questa ipotesi. Il metodo per la ricerca dello spazio degli alberi per l'albero ML è basato su un algoritmo di tipo di ricorso simulato ed è descritto nel riferimento sopra. Il programma implementa il modello F84 di Felsenstein della sostituzione del nucleotidica e i modelli associati ai modelli. Il programma stima le lunghezze dell'albero e dei rami ML e possono opzionalmente stimare il rapporto transversivo / transversitorrio. Alla risoluzione, il programma restituisce gli alberi K della massima verosimiglianza trovata durante la ricerca, dove K può essere impostato dall'utente.

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