L'applicazione Scanalyze è stata sviluppata per essere un programma per l'analisi delle immagini di DNA Microarray. Funziona su immagini fluorescenti da ibridazioni fluorescenti singole o a due colori e produce una tabella di risultati per le analisi successive. Scanalyze fornisce un ambiente grafico interattivo per l'esecuzione di questo processo - gridding - e fornisce strumenti per semplificare e semi-automatizzare questo processo. Dopo la griglia, Scanalyze estrae informazioni su ciascun punto (intensità di fluorescenza, intensità di sfondo, rapporti di fiorimento e un'ampia varietà di parametri di controllo qualità) e salva un file di dati per l'uso nelle analisi successive.
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