Pknotsrg. Piegatura dell'RNA e utilità di corrispondenza termodinamica.
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Pknotsrg. Classifica e riepilogo

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Pknotsrg. Descrizione

PknotsRG è uno strumento per piegare le strutture secondarie dell'RNA, compresa la classe di semplici pseudoknots ricorsivi. Il programma viene eseguito in O (N ^ 4) Time e O (N ^ 2) Spazio, quindi la sua applicazione qui sul Bibiserv è limitata alle sequenze di lunghezza fino a 800 basi. I parametri energetici per strutture che non contengono pseudoknots sono gli stessi come nell'attuale m gravino 3.1. La temperatura di piegatura è fissata a 37c. Attualmente, ci sono tre diverse modalità disponibili: PknotsRG-MFE: calcola la struttura di S (annodata o meno) di energia minima libera. PKnotsRG-ENF: applica un pseudoknot: offre la struttura completa energicamente migliore di S che include almeno uno pseudoknot da qualche parte. PKnotsRG-LOC: offre il miglior pseudoknot locale che può essere elemento di qualsiasi struttura di S, dove "Best" è definito da energia libera per nucleotide. Il resto dei resti s si spiega Get PknotsRG e prendilo per una rotazione per vedere cosa può effettivamente fare per te!

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