Simba. Simba - Esplora il comportamento del tuo gene preferito o set di geni
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Simba. Classifica e riepilogo

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analisi gene genoma Analisi del genoma Analisi genicata Analizza il gene.

Simba. Descrizione

Il sito del lievito SIMBA consente l'esplorazione interattiva di un compendio di dati su larga scala di diversi esperimenti ad alto rendimento. Puoi esplorare il comportamento del tuo gene o set di geni preferiti, confrontare l'attività di vari moduli funzionali in diverse condizioni sperimentali o testare i rapporti tra programmi di espressione genica, interazioni proteiche e profili di legame del fattore di trascrizione. L'algoritmo di Simba divide i geni e le proprietà (di solito una volta un punto o condizione in un esperimento tali microarray del DNA) in bilancieri ("bicici") composti da geni e proprietà in tali che i geni si comportano in modo simile in quel gruppo di condizioni. I bici possono sovrapporsi (in geni, condizioni o entrambi), e un gene può essere presente in diversi acquisti, poiché può essere simile a un gruppo di geni in condizioni A-G e ad un insieme diverso di geni in condizioni H-m. Le proprietà possono essere qualsiasi cosa ottenibile dagli esperimenti a livello di genoma: livello di espressione dell'RNA, o non interagisce fisicamente, fa o non interagisce geneticamente, è o non è resistente / sensibile a un determinato farmaco, ecc.

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