Phylip. Un pacchetto di programmi per inferriggere filogenie
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Phylip. Classifica e riepilogo

Phylip. Tag

albero evolutivo parsimonia filogenico

Phylip. Descrizione

Il pacchetto di inferenza fileny (Phylip) è un pacchetto di programmi per inferire gli alberi evolutivi (filogenie). I metodi disponibili nel pacchetto includono parsimony, matrice di distanza e metodi di probabilità, compresi gli alberi di bootstrapping e consenso. I tipi di dati che possono essere gestiti includono sequenze molecolari, frequenze geni, siti di restrizione e frammenti, matrici di distanza e caratteri discreti. I programmi sono controllati tramite un menu, che chiede agli utenti quali opzioni che vogliono impostare e consente loro di avviare il calcolo. I dati vengono letti nel programma da un file di testo, che l'utente può prepararsi utilizzando qualsiasi processore di testo o editor di testo (ma è importante che questo file di testo non sia nel formato speciale di quel processore di parole - dovrebbe invece essere in Formato "ASCII FLAT" o "SOLO TESTO"). Alcuni programmi di analisi della sequenza come il programma di allineamento Clustalw possono scrivere file di dati nel formato Phylip. La maggior parte dei programmi cerca i dati in un file chiamato "Infile" - se non trovano questo file, quindi chiedono all'utente di digitare il nome del file del file di dati. L'output è scritto su file speciali con nomi come "outfile" e "outtree". Gli alberi scritti su "Outtree" sono nel formato di newick, uno standard informale ha concordato nel 1986 da autori di un certo numero di importanti pacchetti filogenili. Ricevi Phylip e prova a valutare pienamente le sue capacità!

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