PGDSpider. Domanda di conversione dei dati per il collegamento dei programmi di genetica e genomica della popolazione
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PGDSpider. Classifica e riepilogo

PGDSpider. Tag

genoma popolazione genetica Genetica della popolazione

PGDSpider. Descrizione

PGDSpider è stato costruito utilizzando il linguaggio di programmazione Java come app di conversione per i programmi di genetica e genomica della popolazione. Il software facilita le possibilità di scambio di dati tra programmi per una vasta gamma di tipi di dati (ad esempio DNA, RNA, NGS, microsatellite, snp, dati RFLP, AFLP, dati multi-allelici, frequenza allele o distanze genetiche). Oltre ai formati di genetica popolazione convenzionale, PGDSpider integra i formati di dati della genomica della popolazione comunemente utilizzati per memorizzare e gestire i dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS). Attualmente, PGDSpider non è destinato a convertire file NGS molto grandi mentre viene caricata in memoria il file di input intero, la cui dimensione può superare la RAM disponibile. Tuttavia, poiché PGDSpider consente di convertire specifici sottoinsiemi di questi file NGS in qualsiasi altro formato, è possibile utilizzare questa funzione per calcolare i parametri o le statistiche per le regioni specifiche e quindi eseguire analisi della finestra scorrevole su grandi regioni genomiche.

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