Pypedal. manipola i tuoi pedigree con questa applicazione
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Pypedal. Classifica e riepilogo

Pypedal. Tag

manipolatore manipolazione pedigree

Pypedal. Descrizione

Il Pypedal è stato progettato come modulo Python che dovrebbe fornire strumenti per la manipolazione dei pedigree. Gli strumenti forniti possono anche offrire una semplice visualizzazione di pedigree e il calcolo delle misure della diversità genetica dai pedigree. Caratteristiche principali: Lettura di file di pedigree in formati definiti dall'utente Controllare l'integrità del pedigree (ID duplicati, i genitori più giovani della progenie, ecc.) Generare informazioni di riepilogo come frequenza di aspetto nel file di pedigree Riordino e rinumerazione dei file di pedigree Computation della matrice della relazione numeratore (A) da un file di pedigree utilizzando il metodo tabellare calcoli di ingombraing per grandi pedigree Calcolo del totale medio e medio Coefficienti individuali di Inbreeding e Relazione Calcolo dei coefficienti di inbreeding parziale utilizzando un metodo tabulare iterativo (Lacy, 1996; Gulisija, 2006) Calcolo dei coefficienti di Inbreeding ancestrali utilizzando i metodi di Ballou (1997) o Suwanlee et al. (2007) Calcolo delle dimensioni teoriche ed effettuative della popolazione effettiva Computation del numero di fondatore efficace utilizzando l'algoritmo esatto di pizzo Computation del numero di fondatore efficace utilizzando l'algoritmo approssimativo di Boichard et al. Computation del numero di antenati efficace utilizzando gli algoritmi di Boichard et al. Selezione di sottocuponari contenenti tutti gli antenati di un animale Identificazione dei parenti comuni di due animali calcolo dell'ombreità della prole da un accoppiamento prospettico Uscita ai file di testo ASCII, comprese le matrici, i coefficienti di Inbreeding e Relazione e informazioni di riepilogo Importazione ed esportazione dei file GEDCOM 5.5 Importazione ed esportazione dei file Genes 1.20 (DBASE III) Caricamento di Pedigrees da e salvarli in, i database MySQL, PostGres e SQLite Simulazione dei pedigree con un algoritmo derivato da quello in MATVEC 1.1A

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