L'applicazione PDBSup è stata sviluppata per essere un piccolo strumento che ti fornisce un mezzo per determinare la matrice di rotazione e il vettore di traduzione per la massima sovrapposizione di due file PDB. PDBSUP è in grado di realizzare il suo obiettivo risolvendo il problema del Quaternion EigenValue. Per eseguire l'applicazione è possibile avviarlo dalla console della riga di comando.
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