Metasim. Genera raccolte di letture sintetiche con questa applicazione.
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Metasim. Classifica e riepilogo

Metasim. Tag

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Metasim. Descrizione

Metasim è uno strumento utile appositamente progettato per aiutarti a generare raccolte di letture sintetiche che riflettono la diversa composizione tassonomica dei tipici set di dati metagenome. Sulla base di un database dei genomi determinati, il programma consente all'utente di progettare un metagenome specificando il numero di genomi presenti a diversi livelli della tassonomia NCBI, e quindi di raccogliere letture dal Metagenome utilizzando una simulazione di una serie di diverse tecnologie di sequenziamento . Un campionatore della popolazione produce opzionalmente sequenze evolute basate su Genomi di origine e un dato albero evolutivo. I set di dati risultanti possono essere utilizzati come scenari di prova standardizzati per progetti di sequenziamento di pianificazione o per assemblatore di benchmarking e software metagenomico. Caratteristiche principali: Integra un database per le sequenze di genoma di origine Genera set di letture sintetiche o coppie di accoppiamenti in base ai modelli di errore di sequenziamento adattabili (ad esempio per Chimica Sanger, Roche's 454 e Illumina (ex solexa) consente all'utente di configurare i valori di abbondanza per ciascun organismo per modellare le composizioni del taxone specifico fornisce un campionatore di popolazione per generare sequenze evolute basate su genomi sorgente e un dato albero evolutivo può essere controllato tramite un'interfaccia utente grafica o in modalità riga di comando

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