Mesquite è una domanda modulare ed estensibile per la biologia evolutiva, progettata per aiutare i biologi organizzare e analizzare i dati comparativi sugli organismi. La sua enfasi è sull'analisi filogenetica, ma alcuni dei suoi moduli riguardano la genetica della popolazione, mentre altri fanno analisi multivariata non filogenetica. Mesquite ha anche molte caratteristiche per la gestione e l'elaborazione dei dati, compresa l'elaborazione di cromatogrammi, allineamento di sequenze, modifica dei dati morfometrici e altri.
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