Haploview. Analisi di aplotipo semplificata.
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Haploview. Classifica e riepilogo

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Haploview. Descrizione

L'analisi di Haplotype è progettata per test genetici molecolari per identificare i segmenti del DNA che condividono somiglianze. Haploview è stato creato per migliorare i compiti relativi a tale analisi. L'applicazione è basata su Java, il che la rende la piattaforma multipiattaforma e non è necessario passare attraverso un processo di installazione. I formati di file di installazione e gli OPZIONI sono semplici e sono semplici e fino al punto, con un singolo pannello che accetta il caricamento di un massimo di cinque file Formati: collegamento standard, scariche di dati dal progetto HAPMap, Phase o Plank. C'è anche il supporto di caricamento di più file applicando la riga di comando "-Batch". Indipendentemente dal formato file scelto caricato nell'applicazione che gli stessi parametri possono essere personalizzati. Questi si riferiscono al confronto a coppie dei marcatori, che possono essere superiori a un valore specificato dall'utente (il valore predefinito è impostato su 500 KB). Un secondo parametro si riferisce alla quantità di genotipi mancanti negli individui. A seconda del valore dell'utente, questi individui possono essere esclusi dall'analisi. Le impostazioni di configurazione aggiuntive sono disponibili per alcuni dei formati di file supportati. Nel caso di utenti di collegamento standard hanno la possibilità di abilitare il test di associazione, i dati del trio familiare o caricare un file di test. Dopo aver caricato tale file ci sono vari display disponibili, che includono la trama LD, gli haplotipi, i marcatori di controllo o il tagger (combina i metodi a coppie con la potenziale efficienza degli approcci multimore). Con Formato di fase La traccia informativa HapMap può essere scaricata se c'è una connessione Internet. Funzionalità Il programma può essere utilizzato per l'esecuzione di analisi LD e Haplotype e stimare la frequenza di aplotipo nella popolazione. L'elenco delle funzioni supporta anche i test di permutazione che potrebbero rivelare il significato dell'associazione. ConclusioneHaploView è un programma con applicazioni scientifiche che supporta diversi compiti relativi al processo di analisi degli aplotipo. Può essere utilizzato dagli studenti che hanno familiarità con il soggetto ed è anche flessibile in termini di funzionalità e usabilità. Recensito da Ionut Ilascu, ultimo aggiornamento il 7 marzo 2014

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