Cvit. Visualizza cromosomi con l'aiuto di questo strumento
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Cvit. Classifica e riepilogo

Cvit. Tag

spettatore Visualizza cromosoma Sequenza del genoma

Cvit. Descrizione

Cvit, corto per lo strumento di visualizzazione cromosoma è progettato come un'applicazione Perl che può essere utilizzata per generare rapidamente immagini PNG che mostrano funzionalità su una varietà di mappe o su sequenze genomiche. È intenzionalmente semplice e non interattivo, sebbene sia possibile avvolgere il Cvit all'interno, ad esempio, pagine Web interattive. L'input è costituito da uno o più file di dati in formato GFF3. I dati devono contenere record che descrivono uno o più "cromosomi" (che potrebbero rappresentare un gruppo di collegamento, Psuedomolecule, BAC, Contig, qualsiasi tipo di tratto contiguo di DNA o anche una struttura proteica). Questi "cromosomi" sono la spina dorsale in cui le caratteristiche sono posta. Cvit mostrerà qualsiasi sistema di coordinate contigue, incluse coppie di base, centimeggi (mappe genetiche) e centesimcClintoks (mappe citogenetiche). Le coordinate possono funzionare in avanti (più piccola al più grande) o all'indietro (più grande per le piccolette). L'uscita è composta da un'immagine PNG dei cromosoma (s) e delle caratteristiche, un'immagine leggenda e un elenco di coordinate di funzionalità.

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