Cmview. Contact Map Visualizzazione Realizzata.
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Cmview. Classifica e riepilogo

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Cmview. Descrizione

CmView è una pratica applicazione e applicazione di analisi della mappa interattiva a mano, facile da usare, basata su Java. CmView è uno strumento software per visualizzare e analizzare la rete di contatti tra residui di amminoacidi in una struttura proteica. Formalmente, questa rete è un grafico in cui ogni residuo corrisponde a un nodo e due nodi sono collegati da un bordo se e solo se i due residui sono in contatto. Due residui sono considerati in contatto se sono spazialmente vicini nella struttura tridimensionale. In CMVIEW La definizione di contatto è specificata da due parametri: il tipo di contatto e il taglio della distanza. Il tipo di contatto definisce un sottoinsieme di atomi del residuo. Due residui I e J sono quindi in contatto se due atomi da questo sottoinsieme, uno da I e uno di J, non sono più a parte rispetto al taglio della distanza. La rappresentazione della rete di contatto come matrice (formalmente, la matrice di adiacenza del grafico di contatto) è chiamata mappa di contatto. Caratteristiche principali: Mappa di contatto combinata e vista struttura 3D (utilizzando Pymol) Varie opzioni di im- ed esportazione: file PDB, PDB online, esportazione di immagini, formato di previsione del Casp e altri Calcolo delle mappe di contatto con definizioni di contatto definite dall'utente Integrazione con Pymol per la visualizzazione molecolare 3D ricca di funzionalità Struttura e Contatto Confronto con sequenza incorporata o Allineamenti strutturali Mappa a distanza, mappa di differenza, analisi della densità del contatto

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