| Clan. Un piccolo strumento scritto in Java per l'analisi del cluster delle sequenze. |
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Clan. Classifica e riepilogo
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Clan. Descrizione
Frequentemente, l'omologia è utilizzata come motivo per trasferire la conoscenza della funzione o della struttura da noti a proteine sconosciute. Sebbene i filogenitori siano il metodo di scelta quando si tenta di determinare l'omologia, il marker più frequentemente utilizzato è la somiglianza della sequenza a coppie. Il problema di trovare gruppi di geni co-regolamentati su un certo numero di esperimenti di microarray è abbastanza simile al problema della ricerca di gruppi di proteine omologhe in un grande set di dati. In entrambi i casi abbiamo enormi quantità di dati e sono alla ricerca di quei pochi geni che mostrano una specie di somiglianza significativa. La coregolamentazione putativa e l'omologia putativa sono generalmente dedotti da somiglianze nel set di funzionalità di un gene. Nel primo caso il set di funzionalità è costituito dai livelli di espressione attraverso gli esperimenti, nel secondo caso delle sequenze di amminoacidi delle proteine. Una certa somiglianza è anche evidente quando si guarda i grafici generati per i dati di sequenza proteica o dati di microarray. Ottieni i clan e prendilo per una rotazione per vedere cosa può effettivamente fare per te!
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